运乖时蹇的桓温领着残余的两万兵马怆然南归，他本来以为已经击退了慕容垂的追兵后就已经是一路坦途了，可是当退到谯郡（安徽省亳州市）的时候，却又遭到一支敌军的拦腰突击，桓温一看对方的军旗以及士兵的装束，就知道是再熟悉不过的苻秦军队了。已经疲惫不堪的晋军来不及布阵，就与对方混战起来。
这支前秦的部队就是苻坚所派出的支援燕国的军队，他们由将军苟池、洛州刺史邓羌率领，从洛阳出发，东进到颍川（河南省禹州市）一带后就驻扎在那里坐山观虎斗，是准备抽冷子打太平拳的。当苟池和邓羌知道晋军一方已经决意退兵后，觉得这是痛打落水狗的良机，况且，要是再不出手的话，就会失去与前燕在领土问题上讨价还价的筹码了，于是将军苟池就放过袁真所部，领兵从颍川一路往东斜插，刚好就在谯郡拦腰截击上了桓温的军队。连场恶战后的晋军在体力上远不如秦军，但是由于晋军的组织和配合皆属上乘，遭此意外打击之后并没有马上就乱了阵脚，训练有素的士兵在各自将领的带领下不断地组织抵抗，双方一场血战下来，彼此都损失惨重，最后桓温不得不出动了桓石虔的虎贲营，才把秦军彻底地进行了驱离。虽然勇猛无敌的桓石虔在此役里面又大显了一次神威，但是晋军在这场不期而遇的遭遇战当中又折损了数千的人马，这在桓温的伤口上又撒上了一把盐。
桓温对于在谯郡遇到苻秦的军队觉得有点不可思议：“他们从西面的秦国过来后一直驻扎在颍川观战，这个地方离袁真军队所控制的范围很近，而且袁真要从石门撤兵回寿阳的话，就必定会与这股秦军迎头相撞的。这股秦军为什么不打更弱一点的袁真的军队，却偏要来打老子的主力。要不是老子的主力在襄邑大战当中折损了一半，这股秦军在老夫的面前不过就是小菜一碟罢了，可是这股秦军似乎早就知道我在襄邑损兵折将，所以才会毫无顾忌地一直往东横插过来，刚好能够在俺的退路上截住老夫，这世上哪有这么巧合的事情？”桓温想到此处，心里面对袁真的怨恨又加重了一层。
谯郡大战后，桓温越想越觉得袁真靠不住，就没有继续往南面袁真的势力范围里撤，而是把残余的一万多晋军转而拉往东面，沿路还留下人来继续招罗在两场大战当中被打散的散兵游勇。
太和四年（公元369年）冬十月，大星西流，有声如雷。大司马桓温撤退至山阳（今江苏淮安市淮阴区），并暂时驻扎在这个位于建康以北三百多里的战略前沿，以作为收罗陆续归来的士兵和防备燕军继续南下的据点。
到达山阳后，身心疲惫的桓温被身边的亲随从马背上扶下来，他想，这次总算是回到了自己的地盘了。不过，当他回头看到身后那些如行尸走肉一般默默走着的士兵时，他一点也轻松不起来。桓温看着这些满面尘土的士兵，只见他们黧黑的面目上早已失去曾经的英武之气，他们当中很多人都受过战伤，有的还是靠互相搀扶着才能走路的，比起身体上的疲惫和伤痛，更难愈合的是他们心里面的创伤。他们神情冷漠地走着走着，似乎象桓温一样并没有因为到达目的地而觉得庆幸和欢欣鼓舞，桓温知道，此次北伐惨败后，这些幸存下来的士兵们几乎每个人都有父子兄弟葬身北地，他们回家之后恐怕也不知道该如何面对这家里孤儿寡母的泪水。夕阳西下，桓温兀然站立在一个不知名的小山岗上，傍着一颗老槐树，一边看着自己中军的高牙大纛在飒飒的秋风中张牙舞爪地迎风招展，一边听着那猎猎作响的声音，像是被石化了一样久久地站立不动，他其实是沉浸在自己生命当中最悲壮和最凄美的一篇乐章里，久久而不能自拔。
胜不骄败不馁那是一种表面的功夫，若不是一个超凡入圣的人真不容易做到，桓温历来就是个性情中人，他有满腔的理想不能实现，他有满肚子的憋屈无处发泄，所以他也做不出若无其事的样子来。象桓温这种豪情满怀的人，在遇到普通的挫折的时候都能够浑不当回事，比普通人的心理承受能力要强很多，可是这种人一旦遇到极其重大的挫折，其心理落差也特别的大，这时他们也就跟普通人没多大区别了。
此襄邑大战之后，前燕的豫州刺史李邽、左卫将军孟高率军围攻在武阳拒守的孙元，孙元为叛徒的出卖而被俘。自此，桓温在这次北伐当中所收复的前燕之地基本上又丢尽了。
失望归失望，反思归反思，后悔归后悔，自责归自责，怨恨归怨恨，可是，轰轰烈烈的北伐失败后，前后合计损失的兵力超过三万人，因此而损耗的战略物资数不胜数，出了这么大的一件事情无论如何总得要给朝廷一个交代。因此，桓温把心腹王珣和郗超召来计议上报朝廷之事。
桓温一见到两个幕僚后，就马上向他们问起袁真在退军后的状况，郗超回报说袁真已然领兵撤回到了寿阳。桓温追问道：“那袁刺史退兵的一路上可曾打过什么恶仗？”郗超回报说没发现袁真方面的人马遭受过什么重大的损伤。桓温沉吟道：“那秦军明明就摆在袁真退兵的路上，他们不打近在咫尺的袁真，反而远道而来攻击我们的主力，这就有些耐人寻味了！”
王珣领会到桓温的意图，就对桓温说：“明公，您是说袁刺史的这一路兵马是出兵不出力？”
桓温点点头，继续说：“在袁真出兵之后，一路上都是顺风顺水的，也不像我们那样连续打了几场恶仗，为什么一到石门的跟前就萎下来呢？你们觉得他为什么不能够把石门给拿下！”
郗超说：“一开始的时候，袁刺史倾力出击，谯梁皆平，可见他的兵锋甚锐，况且我方又派了大将邓遐、朱序过去支援他，在林渚大败燕将傅末波所部，让袁刺史完全免除了后顾之忧，要是他能够及时地发动攻击，拿下石门当不在话下。不过，后来在慕容德的大军增援了石门之后，再想拿下石门，就有点勉为其难了。”
桓温道：“嘉宾讲得有道理，本公一直在想，既然我给袁真的唯一的任务就是迅速地拿下石门，可是他为什么不能一鼓作气地拿下它呢？是他的兵力不够还是另有其他的缘因呢？”
王珣说道：“明公这次挟威北伐，朝中人士并不是人人盼望明公成功的，难免有人会在背后动动手脚什么的。战场上最怕的不是当面的敌人，而是背后的敌人。”
桓温悚然道：“元琳的意思是说袁真出兵不出力，是背后有人在指使？”
王珣道：“有没有人指使在下就不知道了，不过袁真一向与武陵王司马晞过从甚密。”
桓温道：“武陵王司马晞吗？这人一直对本公有意见。自从本公于太和三年被朝廷加了位于诸侯王上的殊礼后，这武陵王就越发瞧本公不顺眼了，还招罗了不少的亡命匪类自重，如果他跟袁真一直有勾结起来，倒是有可能故意指使袁真拖我的后腿。至于石门的实情是怎样的，我将来还要跟邓遐和朱序他们问清楚。不管怎样，元琳，你先帮我起草一份奏章，向朝廷说明我军这次北阀失败的主要原因。”
颇能知人善任的桓温在经过深刻的反思后，如果能够扪心自问，也并非不能够发现自身在北伐过程当中自己所犯下的一系列决策错误。不过，他也很清楚，要是他自己发扬风格，出来一力承担在这次重大行动当中的所有过错，在这门阀环伺的形势下，就难免会有人落井下石，甚至意图取而代之。为了保护既得的家族利益，他是不可能在这个权力消长的关键节点上做出任何让步的。既然这样，就必须要找一个替罪羊出来作为对整件事情作一个交待。鉴于袁真在执行打通石门水道任务的过程当中的表现极其可疑，因此，桓温在奏文当中就把北伐失败的最大责任推到了袁真身上，说袁真未能占据石门是导致了整个北伐行动失利的最主要原因，他请求朝廷革除袁真的一切职务，将其贬为平民，为了一视同仁，也要求免去派去协助袁真打通石门水道的自己的亲信、冠军将军邓遐的官职。
桓温的奏文被送到建康之前，朝廷就已经知道了北伐失败的消息了。三万多精兵埋骨他乡，令整个帝国颜面扫地，但是朝中却有不少人为之窃喜不已，在他们看来，桓温的失败就是自己的成功——他们怕桓温一旦北伐成功之后就会功绩无量，甚至会动起挟功篡位的念头，这样就会严重地破坏既有的政治生态，与长期以来的门阀平衡的政治原则不符。在他们看来，桓温最好是象第一次北伐那样无功而返或者打一个小败仗回来，要是桓温立下一个不世的功业或者打个大败仗回来都是不利的，前者的理由大家都心照不宣，后者是怕万一敌国乘胜追击，甚至打过江来，那大家一起都没有好果子吃。因此，在得知桓温兵败退至山阳后，东晋朝廷还是派桓温的旧部、侍中罗含带着牛和酒前往山阳，以示对桓温的犒劳。
当收到桓温的上奏后，朝廷中枢的大员们又双叒叕为之头疼不已：他们知道桓温在北伐失败之后肯定会有一肚子怨气，要是不批准他的奏章，万一大敌当前他做点什么过激的行为出来，那大家都得吃不了兜着走；要是批准了桓温的奏文吧，那镇守一方的袁真那方面的事情也不会少。正当满朝大员觉得骑虎难下，左右为难的时候，神通广大的袁真已经得知了桓温奏章的内容。
在同样被要求废为庶人的猛将邓遐的内心里面，肯定也是不乐意为老领导顶雷的，不过，他完全是被桓温发现和提拔起来的，无论如何也不至于做出什么出格的事情来。但是，对于成名比桓温还早的袁真来说可就不一样的，要说袁真在这场失败当中没有责任是不可能的，既然组织上那么信任你，把那么重要的任务交给你完成，还给你派足了帮手，你却拖了领导的后腿，这挨板子的事情是免不了的，可是你硬是要把北伐失败的屎盆子全都扣在他的头上，这如何能够令这个老军阀接受呢？何况他在朝中也有自己的靠山哩！于是，深深不忿的袁真也把一封奏文送到了建康，在这篇奏文里，袁真激烈地抨击了桓温在北伐当中的屡次决策失误以及在过去的种种不是。
朝廷大员们看着这两人表演的狗血大战觉得非常的无奈：这袁真的来头不小，固然不能得罪，而那个霸道的驸马桓温更是得罪不起。他们都知道袁真确实有过失，但是却不至于对整件事负全责。可是为了避免刺激桓温，他们谁也不敢挑头出来遽下判断，也不敢对袁真的奏章做出任何回应。袁真冷眼地看着这些曾经在私下里口口声声地说要力挺自己的朝廷大员们在行动上却是畏葸不前，又或是模棱两可。他知道再这样僵持下去，自己肯定搞不过这位高权重的桓温。不过，这时桓温手下的部队在北伐的军事行动中遭受了重大的损失，而袁真的实力却没有受到多大的损耗，因此，袁真心想：“你们要是把老子给惹火了，我大不了就割据为王，你们又能奈我何。”经过反复的衡量后，袁真一不做二不休，干脆以最靠近北方战线的军事重镇寿春为据点，悍然地发动起叛乱，他同时向前秦和前燕派出使者，分别向这两个政权表示归顺的意思，并请求他们的支援。前燕皇帝慕容暐在得知袁真投靠的消息后大喜过望，连忙派出大鸿胪温统作为代表，准备拜袁真为使持节、都督淮南诸军事、征南大将军、扬州刺史，封宣城公，但是，温统还没等渡过淮河，就已经去世了。
朝廷的大员们在得知袁真叛变投敌的消息后，知道自己再也无须夹在桓温和袁真中间左右为难了，不过，他们却因此而更为惶恐不安：本来袁真的豫州是作为朝廷制约桓温的一股势力而存在的，现在可好，这作孽的桓温把袁真给活活逼反了。苏峻之乱的殷鉴不远，更何况这回袁真还要引狼入室。一旦袁真依附了燕国，这用于防御建康西面敌人入侵的大门却由此而洞开，还不得不依赖桓温去把这扇门给重新闭上，这叫什么事啊。所幸的是桓温的能力要比当年的庾亮强很多，搞定袁真应该没什么问题，可是两线作战也不是开玩笑的。因此，到了这一年的十一月二十五日，焦急万分的琅琊王司马昱迫不得已主动要求与桓温商量下一步的对策。桓温知道司马昱要来见自己后，觉得这王爷的行动总是慢慢吞吞的，等他来山阳都不知道要等到什么时候，鉴于军情紧急，就约了司马昱在离建康近很多的涂中（安徽省全椒县）会面。结果，远道而来的桓温比司马昱还要先到达会议的地点。
司马昱对于袁真的叛变感到非常的失望，毕竟这袁真一直以来对自己都是毕恭毕敬的，虽然他已经在官场上都混出油来了，但是总不会象桓温那样的令人不放心，而袁真这一叛变，反倒是坐实了桓温对他的指控，本来是想借北伐失利这个机会敲打一下已经有点傲娇的桓温的，但却由于袁真的幼稚决策而落空了，这反倒是便宜了桓温。
由于袁真叛变所带来的问题和影响非常的大，所以在这次涂中会议上，司马昱一改过去说话漫无边际的作风，在慰问了桓温几句后就单刀直入地问桓温下一步该怎么办。桓温深知这司马昱在其一生当中最没有信心的就是遇上军旅上的事情，他本想象上次洌洲会议那样先吓唬他一下的，但又担心他的小心脏因此而受不了，于是，就决定实事求是地谈一下自己的看法。
只见桓温淡定从容地对司马昱说：“相王，这袁真本是一个见机行事、利欲熏心的庸官，虽然他手下收罗了大量的精兵，但是他本人绝非良将，只要我亲自出手，平定这场叛乱是易如反掌的。”
司马昱说：“以桓公的才能，平定袁真之乱固然不在话下，本王所担心的是燕、秦两贼趁机出手，这可比苏峻之乱麻烦多了，如果真的出现这种情形，又该如何是好呢？”
桓温安慰道：“相王请放心，在西线方面，荆州的桓豁您最熟悉，一旦苻秦敢于来侵，桓豁当能凭借长江的天险抵御之；至于豫州袁真的叛军，可以用桓冲的江州部队牵制之，而且，我准备让正在河朔一带活动的毛穆之退回到淮南驻守，这样一来，西北面的大门也可保无虞；至于东线，燕军所依仗的不过就是重骑兵的大规模冲锋而已，只要我在广陵督造一条针对骑兵的坚固防线，燕军也是对我们无可奈何的。等到广陵防线竣工，我们就可以集中力量进击寿春，那袁真的叛乱是指日可定的。”
司马昱闻言释然道：“既然桓公早就胸有成竹，本王倒是多虑了。不过，兹事体大，如果桓公在军事部署上有什么要求的话，请随时向朝廷提出来。”
桓温道：“我这次劳师远征，折损精兵和国资无数，正深深的怀惭于心，刚好要趁这个机会一雪前耻，怎敢向朝廷多提要求。总之请相王放心，在下虽然进取中原的能力不足，但是守御江左的能力还是有的！”
听完的桓温的这番话，司马昱这才完全地把心里面的大石给放下，这时，他清谈的瘾头又发作起来了，就又和桓温以及他们的幕僚们天南地北、海阔天空地神侃了起来。
回到健康后，朝廷为了激励桓温保卫国家，加封桓温的世子、给事中桓熙为征虏将军、豫州刺史、假节。不过，这只是一张空头支票，因为豫州这时还掌控在叛贼袁真的手里。