邱辉看到郑军人心惊慌，他认为，现在最关键的是要稳定士气，所以他再次挺身而出，请求乘退潮之机，前去冲击清军，采取积极防御的政策。
刘国轩坚信日内必有大风，仍然拒绝了邱辉的请求，仍按兵不动，仅发布命令驰告各地将士小心防御。刘国轩部属二万多人、战船二百余艘，等待着猛扑而来的施琅。
关于为什么刘国轩这么有信心认为大风回来，这个问题我也搞不太清楚。我只知道刘国轩因此一次又一次地丧失了战役的主动权。
因为就在刘国轩苦等天赐大风的时候，施琅正在紧张地做着进攻前的战斗部署。他召集各船将领于旗舰上，在桌上用大米堆集成澎湖岛各处的地势，一一讲解，并严申：不用命者必按军法处置。六月十六日，清军抵近澎湖本岛，施琅下达了进攻命令，平定台湾的第一役在澎湖正式打响了。
这次战役，是自从朱元璋陈友谅鄱阳湖水战之后，三百年来中华大地上的第二次大规模水战，也是中国古代历史上唯一一次大规模海战。由于大海天气的多变，相比鄱阳湖水战，它更是加入了无数的变量。
施琅军中，果断接下先锋印的蓝理同志确实勇不可当，他一马当先，率领七艘战船率先冲入郑军船阵，击沉和焚毁郑军战船多艘。
当时正好涨潮，清军数船争先，未能保持好战斗队形，互相冲撞，不成行列，有几艘船被潮水冲近炮城，郑军乘机集中火力轰击，并集中战船一起出来围攻。
看到蓝里要吃亏，施琅身先士卒，也亲自率领船队冲入敌阵，救出数船，力战得脱。
就在这紧要关口，刘国轩盼望的大风真的发生了。
一时间怒涛山立，蓝理所率水师前锋船簸荡漂散，战斗阵形被狂风打乱，遭到郑军船舰四面围攻，形势危急。
这个时候，施琅平常的训练和战士们的勇气发挥了巨大的作用。
看到这个情况，施琅毫不畏惧，他直接率领他的部队冲击敌船。看到施琅冲过来，郑军确实是久经海军经验丰富，郑军阵中的右武卫林升率领好几艘艘战船合攻施琅，施琅的旗舰陷入重围之中。
危急时刻，先锋蓝理望见施琅受困，也率船冲入重围，接连击毁三艘敌船。
所谓软的怕硬的,硬的怕穷的，穷的怕横的,横的怕愣的,愣的怕不要命的。
面对不要命的蓝理，郑军战船全部都不敢向前了。这样主帅、先锋得以联手攻敌。
根据当时的目击者回忆（可能有夸张的成分，因为有些
]看书;‘网同人kanshu<>东西不太符合医学原理。。。。），当时战斗进行得非常激烈，蓝理不小心被郑军一炮击伤，顿时腹破肠流，倒于船上，郑军督征北将军曾遂大喊“蓝理死了！”
蓝理的二弟蓝瑶冲过来扶起蓝理，这时候蓝理不顾肠子都快流出来，而是奋力大吼道：“蓝理尚在，曾遂死了！”然后蓝理转身吩咐侄子蓝草茵拿刀来，接着大吼三声“杀贼！杀贼！杀贼！”
由于蓝理的太过勇猛，他的万丈豪情和英勇气概极大地鼓舞了清军将士，顿时人人勇气倍增，无不以一当十。
而郑军吓得目瞪口呆。
这时候蓝草茵提过一把刀来，递到蓝理手中，看到蓝理的肠子流出腹外，赶紧捧起来塞到蓝理的腹内，蓝理的四弟蓝瑗解下衣服为蓝理包扎伤口，五弟蓝珠用布带将他的腹部交错裹缠，随后蓝理又投入了战斗。
由于以上的记载太过于匪夷所思，但是，无论是当时还是现在，似乎都没有人怀疑过。所以我只能把这个事情记录下来。对此，我只能对蓝理将军致以崇高的敬意，因为他实在是对传统医学理论的一次突破。
蓝理以此英勇壮举荣获“破肚将军”之美名。正在形势危急的关头，清军千总游观光喊杀连天，率领部队乘风直扑而来，和施琅会合一处，奋力死战，救出蓝理的舰队，一起突出重围。
由于主帅、先锋均遭受了重创，加上天气已经晚了，因此清军不得不撤退。
清军的撤退，是刘国轩的好机会。之前提出了积极防御政策的邱辉提出应该率领部队追击。不过刘国轩担心清军有埋伏，又因为军中缺粮，怕部队溃散，不敢追击，下令鸣金收兵，施琅得以从容撤退。
第二天，施琅回师停泊于八罩岛，第一回合，刘国轩小胜。
休整了一下之后，到了六月十八日，施琅准备再次率领部队出战，他首先派总兵吴英进取虎井、桶盘二屿。
施琅吸取第一回合太过于积极的教训，他首先派人深入郑军腹地内堑、外堑，侦察地形和郑军的防御设施，并根据侦查的情况重新布置作战方案。
为了拖延时间，以便有更多的时间整军、备战、刺探情报。六月二十日，施琅假意派人去招降刘国轩。
没打仗之前都没能把刘国轩招降，现在刘国轩小胜了一场，心里美滋滋，现在来招降。送你一个字：滚！
为了继续让刘国轩麻痹大意，施琅把故意把赶缯船、双帆船分作两股，假装进攻内堑、外堑，又故意一战即退，郑军以为是施琅军队不堪一击，更加麻痹大意。
经过试探和连日来的观察，这个时候施琅已经决定与守御澎湖的郑军主帅刘国轩进行主力决战。
而在保守的刘国轩浪费了好几次机会之后，运气再也不会在他这边。不得不说，台湾第一人刘国轩在这次战争中的表现，非常让人失望。
就在刘国轩被动地等待台风的时候，施琅在二十二日对澎湖发起总攻。
据李光地的《榕村语录》所载，刘国轩听说施琅准备发动进攻之后，正准备整兵御敌，这个时候，他看见了天边的黑云，同样具有很深的气象学造诣的刘国轩一看，大喜，真是天助我也！因为他明白，黑云到了，台风还会远吗？
所以这位久经沙场的老将就没有好好准备作战，更没有派兵布阵，而是让部下摆酒做戏，还得意的说：“立见来船漂没矣！”
事实上，经验是靠不住的，无论什么情况之下，做好准备总是没有错的。所以刘国轩永远也当不了名将。
就在刘国轩准备喝酒吃肉的时候，这个时候忽然传来隆隆之声，刘国轩这才大惊失色。原来，澎湖一带海面有一个规律，乌云起必飓风起，雷声作则风云立散。
这个时候刘国轩的表现非常让人失望，刘国轩是跳起来，将筵席一脚踢翻，仰天长叹：“天意如此，非人力能胜也，罢！罢！”
不过值得肯定的是，刘国轩虽然打仗不做好准备，但是对于逃命这件事情，他的准备还是很充分的。刘国轩同志一看形势不对，立刻备好了一条小船，准备逃命。
由于刘国轩太过于自信，施琅的进攻非常顺利。施琅把中路主力船队分为八股，每股七艘战船为一个战斗群，有准备的施琅遇上没什么准备的郑军，一下子击沉了好几艘郑军的主力战船。
眼看着清军锐不可当，刘国轩赶紧命令发射火箭喷筒。
虽然被打了个措手不及，但是郑军稳定下来之后，他们还是有一定的战斗力的，虽然刘国轩非常托大，但是他平时的训练抓的是不错的。
之前曾经屡次提出正确意见的邱辉在这一战中表现得十分英勇，他率领部队和清军的部队硬碰硬，击毙了清军的将领朱天贵，把另外一个清军将领林贤打得丢盔弃甲。
邱辉率领船队和清军展开了拼死战斗，就在这个时候，施琅的旗舰遇上了一点意外，海上风大，一下子把施琅的船吹到了沙滩搁浅。
邱辉一看有如此好的机会，立刻冲出一条血路，一路直奔施琅而来。
施琅已经是束手无策，眼看就要当俘虏。