晋哀帝隆和元年（公元362年），前燕政权在把在野王进行割据的吕护势力彻底降服后，又将攻占洛阳的计划纳入了议事日程。元月份，前燕的豫州刺史孙兴对慕容恪建议说现在攻下洛阳的时机已经成熟，他的理由是洛阳现在只由尽率领数千疲惫之卒的东晋将领陈祐来防守，很容易夺取。慕容恪同意了孙兴的请求，他任命再次降服的吕护为宁南将军，驻屯河阴（洛阳东北），为进攻洛阳做准备。
二月，吕护率军对洛阳进行试探性进攻。三月，河南太守戴施南逃至南阳，陈祐向东晋朝廷告急。五月，东晋征西大将军桓温命令北中郎将庾希与竟陵太守、邓岳之子邓遐率领三千水军北上，协助陈祐防守洛阳。邓遐勇力绝人，气盖当时，曾为桓温参军，数从桓温征伐，历冠军将军，数郡太守，是一个樊哙式的名将，当年襄阳城北沔水中曾有大蛇，经常伤人，邓遐拔剑跃入水中，大蛇缠绕邓遐之足，邓遐将其斩为数段而出，据说因此而成为了二郎神的原型之一。七月，经过双方激战，吕护退守小平津时被流矢射中，死于军中，前燕将军段崇收拾残兵，北渡黄河，退回到野王，邓遐则进屯新城。庾希部将何谦与前燕刘则在檀丘交战，击败了刘则。八月，西中郎将袁真进兵汝南，向洛阳运送了五万斛大米，以接济洛阳守军。
在此情况下，桓温向东晋朝廷奏上了他的奏议文中的名篇《求还都洛阳疏》，再次抛出要求迁都洛阳的核武器，这篇奏章原文为：
“巴蜀既平，逆胡消灭，时来之会既至，休泰之庆显著。而人事乖违，屡丧王略，复使二贼双起，海内崩裂，河洛萧条，山陵危逼，所以遐迩悲惶，痛心于既往者也。伏惟陛下禀乾坤自然之姿，挺羲皇玄朗之德，凤栖外藩，龙飞皇极，时务陵替，备彻天听，人之情伪，尽知之矣。是以九域宅心，幽遐企踵，思伫云罗，混网四裔。诚宜远图庙算，大存经略，光复旧京，疆理华夏，使惠风阳泽洽被八表，霜威寒飙陵振无外，岂不允应灵休，天人齐契！今江河悠阔，风马殊邈，故向义之徒履亡相寻，而建节之士犹继踵无悔。况辰极既回，众星斯仰，本源既运，枝泒自迁；则晋之余黎欣皇德之攸凭，群凶妖逆知灭亡之无日，骋思顺之心，鼓雷霆之势，则二竖之命不诛而自绝矣。故员通贵于无滞，明哲尚于应机，砎如石焉，所以成务。若乃海运既徒，而鹏翼不举，永结根于南垂，废神州于龙漠，令五尺之童掩口而叹息。
夫先王经始，玄圣宅心，画为九州，制为九服，贵中区而内诸夏，诚以晷度自中，霜露惟均，冠冕万国，朝宗四海故也。自强胡陵暴，中华荡覆，狼狈失据，权幸扬越，蠖屈以待龙伸之会，潜蟠之俟风云之期，盖屯圮所钟，非理胜而然也。而丧乱缅邈，五十余载，先旧徂没，后来童幼，班荆辍音，积习成俗，遂望绝于本邦，宴安于所托。眷言悼之，不觉悲叹！臣虽庸劣，才不周务，然摄官承乏，属当重任，愿竭筋骨，宣力先锋，翦除荆棘，驱诸豺狼。自永嘉之乱，播流江表者，请一切北徙，以实河南，资其旧业，反其土宇，劝农桑之务，尽三时之利，导之以义，齐之以礼，使文武兼宣，信顺交畅，井邑既修，纲维粗举。然后陛下建三辰之章，振旗旗之旌，冕旒锡銮，朝服济江，则宇宙之内谁不幸甚！
夫人情昧安，难与图始；非常之事，众人所疑。伏愿陛下决玄照之明，断常均之外，责臣以兴复之效，委臣以终济之功。此事既就，此功既成，则陛下盛勋比隆前代，周宣之咏复兴当年。如其不效，臣之罪也，褰裳赴镬，其甘如荠。”
翻译成白话就是：
“巴蜀的成汉已经平定，逆胡的石赵也已经消灭，时来运转的机会已经来到，康泰的气象业已经明显。然而人事反常失误，屡次造成王军出师不利，因此又让燕秦二贼崛起，致使海内崩溃破裂，黄河洛水一派萧条，皇家山陵受到危逼。因此远近的百姓无不悲伤惶恐，为错过的时机而深感痛心。但希望陛下禀承乾坤自然的英姿，继承伏羲深奥玄朗的品德，像凤凰栖息外籓，神龙飞来皇极一样，对时务的更替和人情的真伪了解得一清二楚。这样，就会九州归心，远近企盼，各族民众都想依附圣朝。因此陛下的确应当把目光放远，以雄才大略，去光复旧京，收回华夏疆土，使暖风和阳光遍及大地，将严霜和寒飙排除于外，这样岂不顺天应人，天人共乐！如今江河宽阔，风马悠远，所以向义和建节的人士为收复中原前仆后继，无怨无悔。更何况北极星已经出现，群星自然都来仰望；主流已经运畅，支流自然都来汇入。晋的遗民为能得到皇德的加持而欢欣鼓舞，那些妖逆则知道离灭亡的日子不远了。利用民众思盼归顺的心理，鼓起雷霆万钧的势头，那么燕秦二寇不用大动干戈就可以自己绝灭。所以说圆通的人贵在不拖拖拉拉，明哲的人尚于掌握时机。而和磐石一样坚定的人，才能成就大事。如果这么好的机会来了，而照样不肯展翅飞翔，却永远呆在这南方的边陲，弃神州于不顾，这样只能让五尺的儿童都不免掩口叹息。
当年先王开始创立大业的时候，宅心玄圣，领土有九州之广，官制有九服之多，既重视中央地区也关心边远州郡。正是因为决策英明，处事公允，以致万国景仰，四海朝宗。自从强大的胡寇入侵以来，中原板荡倾覆，朝廷狼狈失地，权且寄身在江南扬越一带，蛰伏求全以等待卷土重来的机会。这实在是因为时局的艰难困顿，并非理应如此的。然而丧乱持久，至今已经五十多年。先朝的旧臣大都去世了，而后来的幼童则放弃了乡音，逐渐入乡随俗，开始忘记了家乡，在江南苟且偷安。回首往事，能不让人悲叹！臣虽然平庸拙劣，才干不足以成大事，虽然暂且承担着空置的官职，但既然这是一个如此重要的岗位，臣愿意竭尽全力，充当先锋，披荆斩棘，驱除豺狼。臣要求自从永嘉之乱以来流落到江东的人们，全部往北迁徙，以充实河南地区。由朝廷资助他们恢复旧业，让他们返回故乡，从事农业养蚕业。同时充分利用有利的时机，教导他们做人的原则，对他们尽到礼数，从而使文武都得到宣扬，信用得到流通。一旦民间的根基打了下来，那么自然就会初步做到纲纪粗具。然后陛下建立国之宪章，振动飞扬的旌旗，坐在金銮御驾里，携带身着朝服的大臣们一道渡过长江。这样宇宙之内谁不欢欣鼓舞！
人性都是贪图安逸的，很难让人主动去艰苦创业。非同寻常的大事，总是被大家怀疑。但愿陛下以明睿的目光，果断地采取非常措施，把光复国土的职责交给我，由我来负责令这个任务最终达至大功告成。这件大事一旦办成，那么陛下的功勋将比前代君主更为盛大，堪比周宣王当年的中兴。如果不成功，那是臣的罪过，即使遭受烹杀，也心甘情愿。”
《求还都洛阳疏》是桓温的奏议文当中非常重要的一篇。在疏文中，他首先指出，经过自己的一番武功之后，国家有了“时来之会”“休泰之庆”，而朝廷又在北伐中用人不当，以致“复使二贼双起，海内崩裂，河洛萧条，山陵危逼，所以遐迩悲惶，痛心于既往者也。”二贼指的就是前秦与前燕。在此情况下，希望晋哀帝能够“远图庙算，大存经略，光复旧京，疆理华夏，使惠风阳泽洽被八表，霜威寒飙陵振无外”。如果能做到这样，则可以令海内鼓舞，二贼自灭。并言中原为本，“贵中区而纳诸夏”，这是“朝宗四海”的依靠。如果一味偏安江南，人们就会渐渐失去光复之心。
在最后，他提出了对东晋朝廷最具争议性的建议：“自永嘉之乱，播流江表者，请一切北徙，以实河南，资其旧业，反其土宇”——不但朝廷要北迁，当年永嘉之乱时，南迁的中原大族都要返回原籍，以充实黄河以南地区。桓温此举不仅将自己放在了东晋朝廷的对立面，而且，也将自己放在了整个东晋士族、全体流民的对立面。因为自从永嘉之乱以来，已经过去了整整五十六年，渡江的世家大族在江南求田问舍，圈占了大量的优质土地，也拥有了为数可观的庄园、奴仆和财富，让这些人舍弃既得利益而返回到满目疮痍的河南地区，无疑比杀了他们还难。而且，这么多年过去了，当初渡江的流民也早已安居乐业，当初渡江而来的父祖辈大多也已故去，坟柏选址，社会关系已经重新建立，人民已经将他乡做了故乡，此时强行将整个江左几乎一半多的民众全部迁回对于他们来说十分陌生而又充满危险的家乡，无疑会引起严重后果的。
那么，桓温为什么开出这样一贴狼虎之药呢？
桓温深感偏安之后整个东晋社会士族气质的堕落之快，那些自以为是社会的顶梁柱们整天醉生梦死，还把五石散这种原始的毒品当成零食，没事就聚集起来发散一下，以找到那种如幻如仙的感觉。熟读《孟子》的桓温深深知道“生于忧患而死于安乐也”的道理，为了避免大家在安逸的生活当中安乐死，必须开出一副猛药，让大家重新至于战战兢兢的状态，这是一种置之死地而后生的精神改造法。桓温是当时那个日渐堕落的社会里为数不多的清醒者，就是因为东晋当时还有一些象桓温那样的清醒者在掌权，东晋还能奇迹般地苟延残喘着。桓温对于前秦政权开拓基业时苻氏核心家族成员的众志成城和精励图治印象深刻，他也深深知道温水煮青蛙的危害，他认为要恢复中原故土，精神和意志的方面所能够起的作用远大于物质上的作用，他想通过营造出一定的危机感来挽救东晋王朝这只快要被煮熟而自己却乐在其中的大青蛙。可是，桓温还是远远地低估了人性当中追求安逸享受的那股使人堕落的力量。
刘惔曾经有一个著名的清谈公案。有一天刘惔和王濛邀请殷浩到刘府上清谈，殷浩问：“为什么世界上坏人多而好人少？”刘惔则应声答道：“这很容易理解，就像高山上流水，各自纵横漫流，哪有自然形成圆形或者方形的。”在这次清谈中刘惔因此恰当的比喻而占了上风。
大多数人的本性岂不也是象流水一样的堕落而散漫，而桓温硬是要把别人塑造出一个理想的形状出来，硬是要革别人灵魂的命，不遭到别人的坚决杯葛才怪。
“流氓不可怕，最怕流氓有文化。”被朝中人士视为顶级大流氓的桓温的这篇奏章令众多久已在江左扎根的南迁士族大为恐慌，但是谁都不敢对桓温这篇冠冕堂皇、气势磅礴、理直气壮、充满高大上的正能量以及政治正确的奏章提出任何反驳意见，满朝文武挠破了头皮都不知道怎么去应付，还准备派遣侍中前去洛阳劝慰守城的官兵。后来，扬州刺史王述就对一些主要的大臣说：“桓温不过是以虚声来威胁朝廷而已，迁都洛阳的事情不符合实际情况，朝廷但听从无妨，接下来山人自有妙计。”
不久之后，身为散骑常侍兼著作郎，名盛一时的名士孙绰成为了大家的心目中的大救星，他以一篇《谏移都洛阳疏》上书朝廷，反对匆忙迁都：
“伏见征西大将军臣温表，便当躬率三军，讨除二寇，荡涤河谓，清晒旧京，然后神旗电舒，朝服济江，反皇居于中土，正玉衡于天极。斯超世之宏图，千载之盛事。然臣之所怀，窃有未安。以为帝王兴，莫不藉地利人和以建功业，贵能以义平暴，因而抚之。怀愍不建，沦胥秦京，遂令帝胡交侵，神州绝纲，土崩之衅，诚由道丧。然中夏荡荡，一时横流，百郡千城，曾无完郭者，何哉？亦以地不可守，投奔有所故也。
天祚未革，中宗龙飞，非惟信顺协于天人而已；实赖万里长江，画而守之耳。《易》称，“王公设险，以守其国。”险之时义，大矣哉！斯已然之明效也。今作胜谈，自当任道而遗险，校实量分，不得不保小以固存。自丧乱以来六十余年，苍生殄灭，百不遗一，河洛邱墟，函夏萧条，井湮木刊，阡陌夷灭，生理茫茫，永无依归，播流江表，已经数世，存者长子老孙，亡者邱陇成行，虽北风之思，感其素心，目前之哀，实为交切。若迁都旋轸之日，中兴五陵，即复缅成遐域。泰山之安，既难以理保；蒸蒸之思，岂不缠于圣心哉！温今此举，诚欲大览始终，为国远图，向无山陵之急，亦未者决大谋，独任天下之至难也。
今发愤忘食，忠慨亮到，凡在有心，孰不致感！而百姓震骇，同怀危惧者，岂不以反旧之乐赊，而趣死之忧促哉！何者？植根于江外数十年矣。一朝拔之，顿驱于空荒之地，提挈万里，逾险浮深，离坟墓，弃生业，富者无三年之粮，贫者无一飧之饭，田宅不可复售，舟车无从而得，舍安乐之国，适习乱之乡，出必安之地，就累卵之危，将顿仆道途，飘溺江川，仅有达者。夫国以人为本，疾寇所以为人，众丧而寇除，亦安所取哉？此，仁者所宜哀矜，国家所宜深虑也。
自古帝王之都，岂有常所？时隆，则宅中而图大；势屈，则遵养以待会。使德不可胜，家有三年之积，然后始可谋太平之事耳！今天时人事有未至者矣，一朝欲一宇宙，无乃烦而难举乎？臣之愚计以为，且可更遣一将，有威名资实者，先镇洛阳，于陵所筑二垒以奉卫山陵，埽平梁许，势必远窜；如其迷逆不化，复欲送死者，南北诸军，风驰电赴，若身于之就痛痒，率然之应首尾。册陵既固，中夏小康。陛下且端委紫极，增修德政，躬行汉文简朴之至，去小惠，节游费，审官人，练甲兵，以养士灭寇为先；十年之行，无使隳废，则贫者殖其财，怯者充其勇，人知天德，赴死如归，以此致政，犹运诸掌握。
何故舍百胜之长理，举天下而一掷哉？陛下春秋方富，温克壮其猷，君臣相与，宏养德业，括囊元吉，岂不快乎？今温唱高议，圣朝互同，臣以轻微，独献管见，出言之难，实在今日。而臣区区必闻天听者，切以无讳之朝，狂瞽进说，刍荛之谋，圣贤所察觉，所以不胜至忧，触冒干陈，若陛下垂神，温少留思，岂非屈于一人，而允亿兆之愿哉！如以干忤罪大，欲加显戮，使丹诚上达，退受刑诛，虽没泉壤，尸且不朽。”
孙绰的奏章的大概意思是：江东政权建立以来，之所以能够存续至今，主要还在于划江而守。到如今流民在江东已经繁衍了几代人了，昔日流民大都已经谢世，只剩下年长的儿子或者长孙，江东的流民后裔虽然还能偶尔有故乡之思，但他们对埋葬在跟前的父祖辈们的感情更深。民众数十年来安居的生活一旦被打乱，将他们从安乐之乡驱逐于荒芜危险之地，让他们离开父祖的坟墓，抛弃养生的家业，辛勤购置的田产和房屋无法卖掉，不但难以积攒远行的盘缠，还要在泥泞的道路上辗转飘零，将很少有抵达目的地的。这不仅是仁爱的人不应该做的，而且，这样下来可能会引发的社会动荡也应引起高度警惕！如果迁都，中兴以来的元帝建平陵、明帝的武平陵、成帝的兴平陵、康帝的崇平陵、穆帝的永平陵都将会抛在江南，迁都之后，以常理推测，现在的洛阳不会那么平安，而皇上还将为怀念祖先而烦恼。为此，孙绰建议，应该选择有威名、有实力的将帅先行镇守洛阳，扫平许昌和梁国（河南省商丘市）一带，待黄河以南地区完全平定、运河粮道完全打通以后，豫州新开垦的土地所积攒的粮食也充足了，敌人远远地逃窜，中原基本自给，然后，再商议迁都的事宜。孙绰甚至质疑说：为什么要舍弃百战百胜的常理，而要将天下孤注一掷呢！
孙绰的上书在朝廷看来无疑是干旱逢甘雨，不过也极有可能本来就是司马昱或者王述授意孙绰写了，虽然这篇奏章远没有桓温的来得大义凛然和理直气壮，然而却显得更切合实际情况和符合人情世故。因此，孙绰的雄文获得了已经为这件事情伤透了脑筋的朝中人士的疯狂点赞。
桓温看到孙绰的奏疏之后，自然很不高兴这冬烘先生坏了自己的大事，不过因为孙绰是当世少有的几个大名士，跟自己也素无过节，他还将自己的清谈风格评价为“高爽迈出”。因此，桓温只是对身边的幕僚说了一句：“告诉他孙绰老先生，咋不把你过去写的那篇《遂初赋》翻出来复习一遍呢？来管人家的国家大事干什么！”
历来评价桓温的人都有一个先入为主的观点：就是因为桓温晚年做了一些颇为出格的事情，就不断往前倒推清算，好像桓温先前所做的任何事情的最终目的都是为了篡权。其实直到目前为止，桓温只是一个方镇之臣，虽然在地方上的势力很大，但是在朝堂上的力量完全可以忽略不计。真正想篡权的反而是司马懿那种类型的老谋深算、不声不响、引而不发、静待时机、到了关键时候才悴然出手的阴谋家。一个违背大多数官员的利益和意志而高声嚷嚷迁都洛阳的人更象是一个壮志未酬的老愤青在发泄多年来在心中积攒的种种不满，他以往在跟朝廷正儿八经地讨论一些实际问题的时候，总是遭到各种各样的无视和拖延，于是，他其后就采用一些政治正确的论调来冲击朝中当政者的神经，当他看着这班太极大师们神情紧张、不知所措地面对着自己的无限制搏击的那副样子，也着实感到内心的快慰。不过，说他的这样做的目的就是为了以后能够篡权，这是很说不过去的。
孙绰奏疏中所提到的要找一位有威名、有实力的将帅先行镇守洛阳，暗示这就是桓温本人。因此，在朝廷将孙绰的奏疏传给桓温同时，朝廷便下诏给桓温说：“自从丧乱以来，不知不觉间已经历了五纪。将军铲除贼寇，奋勇征伐，忧心西迁，慨叹满怀。朕知道将军准备亲率三军，涤荡污秽，廓清中原，光复旧京。除非舍身为国的忠臣，谁能够这么做呢？将军所提的各项建议，都是良好的考虑。但黄河洛水一带的重建工作，需要大量的劳作，真让将军费心费力了。”并就此免去桓温都督交州、广州军事的职务，而将都督并州、司州、冀州三州加到了桓温的头上。朝廷的目的很明确：你桓温想以迁都洛阳为幌子，造成朝野混乱，而且按照你奏章的意思，就是让你来全权负责迁都的事宜，鉴于刘惔那个著名的预言，谁敢保证你得到了处理迁都事宜的大权后不会兜售自己的私货。因此，现在就先请你自己去险境挂帅，等你把所有迁都的条件都达成之后，再来跟我们说迁都的事情吧！
桓温是一个现实的理想主义者，他想成就北伐英雄的梦想，却不愿意成为一个被消费甚至被出卖的英雄；他以刘琨为精神偶像，但是这并不意味着他希望象刘琨那样成为孤悬北方的牺牲者。桓温手下的主簿王珣曾问他：“箕子与比干，行事虽有不同，用心却都一样的。不知您肯定谁，否定谁？”桓温回答道：“同样被称为仁人，那我宁愿做管仲。”桓温知道，他一旦接受了都督并、司、冀三州的职务，那么，下一步冀州刺史和司州刺史这些没有任何实控地盘的头衔都会加在自己头上，当自己所掌握的荆州军队直接与北方的势力开火血拼的时候，荆州背后的稳固的后方交州、广州反而要让朝廷给拿去了，这个釜底抽薪的招数可真阴呀！到了这个时候，能够想出这个阴招的自然就是早年曾被认为有点宝的王述。不过，认为他有点宝的王羲之却在官场上反而被他玩死了。
桓温不是王羲之。“我愿意冲在前面做开路先锋，前提条件就是迁都，只有将大家的利益都捆绑在一起我才能出来为大家奋斗，如果你们让我孤身冲在前面冒险，而贵圈却躲在后面一边享受一边说风凉话，而且还要让我平白多出一些后顾之忧，这想都别想。”因此，忿怒之下的桓温立刻上表，坚决推辞掉都督并、司、冀三州的职务。
桓温为了试探朝廷对于迁都的真正态度，又投石问路地提议要将洛阳的钟虡（一种悬钟的格架，上有猛兽为饰）搬到建康。如果朝廷冒冒失失地采纳了桓温的建议，桓温可以就此明白了朝廷的心意，然后再找机会指责朝中那些反对迁都洛阳的人士。不过，老奸巨猾的王述又站出来一本正经地发表意见说：“永嘉的不幸，致使我们暂时定都在江东。现在正应当荡平海内，很快将重返旧京。如果一时办不到，则应当改迁皇陵，而不应当优先考虑这钟虡的事！”桓温见自己屡试不爽的政治正确的招数已经被王述用上了，就因此而作罢。
虽然在朝中高官的通力合作下，桓温的迁都之议再次流产了。不过，为了抚慰桓温那颗一再受伤的心，弥合双方之间由来已久的嫌隙，朝廷方面也做出了很大的补偿。晋哀帝兴宁元年（公元363年），东晋朝廷加封桓温为侍中、大司马、都督中外诸军、录尚书事、假黄钺，自此，桓温成为了东晋军队的总司令，首次在朝中拥有了实际的影响力。朝廷的这个决定固然有安抚桓温的意图，同时也是一种迫不得已的选择，因为这个时候来自前燕的军事压力骤然增大，如果再不能弥合内部分歧和有效地整合内部资源，就无法迎击来自北方的军事挑战了。在整合内部军事力量方面，拥有实战军事能力的桓温已经成为了不二的选择，虽然这个选择令人很为难、很纠结甚至很痛苦。