虽然生活安逸地偏安一隅，但是在衣冠南渡的东晋士族当中始终有一种收复故土的梦想，这也是东晋朝廷政治正确的基础。然而，中原板荡，群雄并起，收回故都、恢复故土的愿望又是那么的可望不可即。
早在永和五年（公元349年）石虎刚去世、石遵诛杀石世、石赵帝国出现动荡预兆之时，桓温就曾经上书朝廷，要求对石赵帝国进行大规模的进攻。然而，东晋丞相会稽王司马昱担心桓温借北伐之机，建功立业，威胁自己乃至皇室的地位，因此，一直采取不温不火，不急不躁的态度。司马昱之所以这样做，是因为桓温以北伐为名显得堂而皇之，司马昱不能公开反对；而现在北方已经乱成一锅粥，似乎给足了自己吃豆腐的机会。于是，他一方面对桓温的提议消极应对；而对于其他人，他就积极的给予支持。当初褚裒领兖、徐之兵北伐就很快就得到了朝廷的支持，只是因为皇外公本身能力不济，以致失败后抑郁而死。
在司马昱与桓温的软磨硬缠中，北方局势进一步恶化，石遵、石鉴相继被冉闵所杀，到了永和六年（公元350年），冉闵、石祗又都称帝，慕容燕国攻入幽州，北方局势变得更为动荡、复杂。此时，在桓温的一再敦促和强大的舆论压力下，主政的司马昱决定以殷浩为中军将军、假节、都督扬豫徐兖青五州诸军事，实施北伐。然而，这种把真正有实战能力的桓温势力排斥在外的北伐，根本上就是勉为其难的。司马昱和殷浩深知自己的能耐，一方面，他们不敢让扬州、豫州、徐州的军队全力北上，以免象褚裒一样以悲剧收场；另一方面，他们又要拿起北伐这面政治正确的旗帜，整军备战，并借此扩充实力。
因此，在殷浩被任命为中军将军之后，他并没有采取北伐的实际行动，而是很鸡贼地采取了向原石赵帝国投降将领封官许愿的办法，远远羁縻这些新归降的土地，而并未试图对其进行有效的控制。在中原四分五裂之际，东晋朝廷利用残存的一点影响力，在一、两年的时间里，促使了处于彷徨无主状态中的各方势力纷纷归顺：永和五年石虎死后，六月石赵扬州刺史王浃以寿春降；永和六年冉闵称帝后，苻洪归顺；永和七年（公元351年）元月，鲜卑段龛以青州投降，封其为镇北将军，齐公；永和七年（公元351年）五月，石祗兖州刺史刘启投降；永和七年（公元351年）八月冉闵豫州牧张遇以许昌来降，封其为镇西将军；永和七年（公元351年）十一月，石祗将姚弋仲、冉闵将魏脱来降，东晋分别封姚弋仲为车骑将军，魏统为安北将军、监冀州诸军事、冀州刺史；此外，石虎故将周成屯守廪丘（山东省郓城县郓城镇）、高昌驻守野王（河南省沁阳县）、乐立在许昌、李历在卫国（河南省濮阳市）均宣布投降东晋。同时，在永和七年（公元351年）的九月，司马炎的峻阳陵和司马衷的显阳陵均崩塌，东晋朝廷还从建康派出太常赵拔前往洛阳修复山陵，据此可以看出，截止到永和七年年底，整个黄淮地区包括山东河南北部部分地区，至少是在名义上纳入到了东晋帝国的名下，如果能够让有能力的人刻意经营的话，就有可能变成实控领土。然而，整整两年过去了，殷浩却迟迟没有采取实质上的军事行动。
到了永和七年，距离桓温第一次上书北伐已经过去了两年多，而朝廷却一直对桓温不理不睬。当北方形势陷入一片混乱的时候，而东晋朝廷却显得如此的麻木不仁，这令到胸中大志抑郁难申的桓温渐起异心，双方的矛盾和芥蒂逐渐激化，桓温所管辖的八州，即荆州、梁州、益州、司州、广州、宁州、交州、雍州，只是名义上归属朝廷，实际上可以由桓温自行招募军卒、调配资源，逐渐形成半独立状态，朝廷对他已不能征调如意，但求羁縻而已。因国中无事，君臣尚能相安。
此时，桓温的连襟，多年来相爱相杀的好基友，心理大师刘惔同志已经在丹阳尹的任内驾鹤西去，享年三十六岁，获赠前将军。但是，刘惔生前所留下的关于桓温的预言却在持续发酵。这是一个相当有趣的皮格马利翁效应：朝廷的当政者越是相信刘惔的预言，就对桓温越防范；朝廷越对桓温防范，就越引起桓温的不满；桓温越不满意朝廷的处事方式，就越不愿意尊从朝廷的命令；桓温越不尊从朝廷的命令，朝廷对他的疑虑和猜忌就越深。如此一来，桓温与朝廷的关系就变成了一个始终无法解决的象滚雪球一样越滚越大的死循环。这个在双方心理上所存在的死结的主因在于当朝主政的司马昱和殷浩，不过桓温自己似乎也应该对此负上一定的责任，他们三位都是清谈高手，如果他们双方都能够推心置腹地谈通谈透，把各自的心病都放下来，未尝不能就北伐问题达成一致意见。就是因为矛盾的双方都互不信任对方，也没做到主动去尽力解除这块心病，不但北伐的最佳时机一再错过，就连刘惔生前所留下的预言，都差不多要自我实现了。
就在这个时候，朝中一件逼迫别人升官的罕见闹剧发生了，这件事情看起来与桓温没有直接的关系，但是在实际上也有相当程度的牵连。
早在永和四年（公元348年）桓温灭成汉之后，朝廷就任命了蔡谟为司徒，可是，蔡谟一直不愿做执政大臣，反复陈让，皇太后褚蒜子一直不同意，从永和四年冬天一直到永和五年，诏书屡下，而蔡谟屡次推辞。朝廷每下一次诏书，皇帝都需要按照规定亲自坐到正殿之上等待，如此这番折腾了无数次，蔡谟就是不肯上任。
到了永和六年（公元350年），他更是上了十多道奏章要求退休，还呈上了自己的左光禄大夫、代理司徒的印章绶带。永和七年（公元351年）时年八岁的晋穆帝司马聃登临正殿，他被司马昱和殷浩当枪使，再次赶鸭子上架，又要拜蔡谟为司徒，他派遣侍中纪据、黄门郎丁簒征召蔡谟，蔡谟让主薄谢攸对外声称自己病重而再次推辞，从早晨一直折腾到傍晚，使者来回十多趟，而蔡谟却一直不上朝。小皇帝以及所有的朝臣们都累极了，可怜的小皇帝司马聃对身边的人说：“所召之人为什么还没有到来？斟在此临朝将要等到什么时候呢？”
皇太后只好下诏：“蔡公真的不来的话，那就罢朝吧。”蔡谟的所作所为让大家都觉得很没面子，恼羞成怒的中军将军殷浩要求罢免吏部尚书江虨的官，司马昱则说：“蔡公傲视君命，无人臣之礼。如果君主在上卑屈，而大义不行于下，那么就不知道将如何为政了。”于是，有关部门要求将蔡谟送交廷尉审判。
听到这个噩耗，蔡谟也不生病了，吓得率领全家穿着孝服到宫门前谢罪，并亲自到廷尉处自首。当时，按殷浩的想法是要将蔡谟斩首来整肃朝纲的。这时，正巧兖州、徐州刺史荀羡进京，殷浩将自己的打算对他说了，荀羡说：“蔡公今日事危，明日必有桓、文之举。”殷浩才作罢。荀羡说的桓、文之举，就是桓温极有可能以此为借口兵向朝廷，以清君侧。于是，为了避免授人以柄，褚太后下诏将蔡谟免为庶人。
由于蔡谟与桓温在琅琊王府有过一段近乎师生般的交情，而现在满朝文武当中也就只有蔡谟一人能够获得桓温由衷的敬重，深知这里面关窍的殷浩和司马昱之所以一直要晋升蔡谟为司徒，就是希望利用蔡谟与桓温之间的关系来达到牵制桓温的目的，却没想到蔡谟坚决不赶这趟浑水，这不但让司马昱和殷浩颇为扫兴，而且还就打破了他们的政治图谋。
虽然蔡谟从来不发音来声援已然功高震主的桓温的主张，但是从蔡谟拒不加入司马昱和殷浩的阵营的这件事看来，这本身就是对桓温一种无声的支持，如果朝廷方面对蔡谟的处罚过于严厉的话，一直以来受尽朝廷防范和戒备的桓温是有可能趁机翻脸的。好在殷浩听从了虽然更为年轻却更为老到的荀羡的告诫，没有给予桓温发飙的借口。因此，尽管桓温一直心怀不满，但直到永和七年，他与朝廷之间起码在表面上还是相安无事的。然而，到永和七年年底，桓温终于按捺不住，他决定主动出招了。
永和七年（公元351年）十二月十一日，桓温上书北伐，并于当天即率领荆州近五万大军，顺江东下，屯驻于武昌（湖北省鄂州市），朝廷为此震恐。桓温的这一招相当于围棋里面的试应手，简单来讲，就是在自己不知道把棋下在何处最理想的情况下，下出试探性的一子，这一子能够促使对方必须做出选择，而自己就能随着对方所选择的应对再决定自己下一步的下法。这相当于在投石问路，是一种比较高级的围棋手段：如果对方应对正确，自己的一方虽然占不到便宜，但也不会导致多大的损失，万一对方应对失误，那接下来就可以虐他了。
在朝廷看来，同样是“拜表辄行”的违法行为，桓温这次的“拜表辄行”表现得更为恶劣。上次是去打偏远的成汉集团，对朝廷方面没有什么威胁；这次却不是直接北上去打胡人，而是顺江而下进驻武昌，这是要做什么呢？是做给谁看的呢？
桓温之所以摆出要兵谏的样子，一方面是长期受打压后实在忍无可忍的一种心理发泄行为；另一方面就是要向殷浩施加压力，意思是说：你倒底要不要北伐？你不北伐就别推三阻四的，不如直接让我来主导北伐。
殷浩与司马昱这两位擅长清谈的名士看到桓温连军阀的架势都摆出来了，两人都被吓坏了。殷浩一会儿决定要避位，一会儿又决定要拿驺虞幡来对付桓温。驺虞幡是一种绘有驺虞图形的旗帜，只有经皇帝批准才可以使用，其作用是让军队解严收兵。这当然是个想当然的办法，桓温连这才八岁大的皇帝都不放在眼里，又何况是区区的一面驺虞幡？
正当两位执政都手足无措的时候，王导堂弟王彬之子、王羲之的堂兄弟、时任吏部尚书的王彪之站出来了说话了，他力劝两人千万要挺住。他对会稽王司马昱说：“让殷浩辞职不是保全社稷、为殿下着想的办法。如果殷浩因此而辞职，人情必然惊骇，只剩下天子独坐在朝堂之上。这样的话，就必须要有人来承担国政的大任，那么，这个人不是殿下，又会是谁呢？”一向懒政的司马昱觉得他讲得很对。然后，王彪之又去劝说殷浩说：“桓温抗表问罪，大人您首当其冲。如今双方嫌隙已成，倘若此时引咎退位，怎能保全性命？最好是暂且冷静地观察事态的发展。我们最好先由相王（司马昱）向他写信解释，表达诚意，分析成败，劝他退兵；如果他仍不听从，就让皇帝下诏让他退兵；如果仍然不从，那咱们就跟他干仗。您不应这样匆匆忙忙的，自己就先乱了自己的阵脚。”殷浩听罢，就自我解嘲说：“对大事进行决策是十分困难的，这几天来，桓温这小子让人十分烦闷，听到你的话，我的心里才豁然开朗。”
抚军大将军司马高崧也对司马昱说：“我们应该给桓温下书，分析利弊，他自然会回师。如果不听命，则整顿军队，顺逆立刻就会分辨。如果您还有其他的计划，请先将我杀掉祭鼓！”说完，就在司马昱的座上替他给桓温写信：
“寇难宜平，时会宜接，此实为国远图，经略大算。能弘斯会，非足下而谁！但以此兴师动众，要当以资实为本。运转之艰，古人之所难，不可易之于始而不熟虑，须所以深用惟疑，在乎此耳。然异常之举，众之所骇，游声噂沓，想足下亦少闻之。苟患失之，无所不至。或能望风振扰，一时崩散。如其不然者，则望实并丧，社稷之事去矣。皆由吾暗弱，德信不著，不能镇静群庶，保固维城，所以内愧于心，外惭良友。吾与足下虽职有内外，安社稷，保家国，其致一也。天下安危，系之明德。先存宁国，而后图其外，使王基克隆，大义弘著，所望于足下。区区诚怀，岂可复顾嫌而不尽哉！”
高崧给司马昱起草的这封书信，可谓是一篇措辞得体的佳作，开始对桓温褒扬有加，接着又摆出了自己的苦衷，同时，又对桓温的行为进行了含蓄的批评，最后还对桓温进行一番劝勉，希望他不计前嫌，共保社稷。
桓温的这一招试应手吓得殷浩和司马昱着实不轻，差点就要出乖露丑了，但是朝中毕竟还是有能人的，桓温在收到了司马昱的信件后觉得朝廷方面应对无误，他知道自己试探的目的已经达到了，再纠缠下去也没多大的意义，于是，撒完娇之后就收兵回夏口去了，他并且上疏对自己的行为解释道：
“臣近亲率所统，欲北扫赵魏，军次武昌，获抚军大将军、会稽王昱书，说风尘纷纭，妄生疑惑，辞旨危急，忧及社稷。省之惋愕，不解所由，形影相顾，陨越无地。臣以暗蔽，忝荷重任，虽才非其人，职在静乱。寇仇不灭，国耻未雪，幸因开泰之期，遇可乘之会，匹夫有志，犹怀愤慨，臣亦何心，坐观其弊！故荷戈驱驰，不遑宁处，前后表陈，于今历年矣。丹诚坦然，公私所察，有何纤介，容此嫌忌？岂丑正之徒心怀怵惕，操弄虚说，以惑朝听？
昔乐毅谒诚，垂涕流奔，霍光尽忠，上官告变。谗说殄行，奸邪乱德，及历代之常患，存亡之所由也。今主上富于阳秋，陛下以圣淑临朝，恭己委任，责成群下，方寄会通于群才，布德信于遐荒。况臣世蒙殊恩，服事三朝，身非羁旅之宾，迹无韩彭之衅，而反间起于胸心，交乱过于四国，此古贤所以叹息于既往，而臣亦大惧于当年也。今横议妄生，成此贝锦，使垂灭之贼复获苏息，所以痛心绝气，悲慨弥深。臣虽所存者公，所务者国；然外难未弭，而内弊交兴，则臣本心陈力之志也”
桓温的这篇《上疏自陈》算得上是散文的名篇，其语气慷慨沉郁，直抒胸臆，翻译成白话文的意思如下：
“我近期亲自率领所统辖的部队，想北上扫平赵、魏，军队到达武昌，得到了抚军大将军、会稽王司马昱的书信，说是目前社会上是非纷纭，疑惑丛生，信中谈到形势危急，令人忧及社稷的安危。我静心思索下来，对这种怀疑所产生的原因感觉到非常惊愕和不解。我因此感觉孤独无助，如沉深渊。我以鲁钝之材，却为国家肩负着重任，虽然无与此相称的才能，但职责在于平定祸乱。如今，国耻未雪，寇仇未灭，幸好遇上开明泰世，敌人又有机可乘，就是有志匹夫，尚且心怀愤慨，我又如何能够忍心坐观国家的祸败呢！所以，抬着干戈来回奔驰，不敢安歇，先后上表陈情，到今天已一年多了。坦荡忠诚，公私可察，不知道哪里出现了些许的差错，竟招来了如此猜忌？这不正是奸佞之徒心怀恐惧、搬弄是非和惑乱朝政的伎俩吗？
从前乐毅竭诚事燕，结果垂涕出奔；霍光尽忠于汉，结果受上官桀的诬告。谄言诋毁高行，奸邪败坏美德，这是历代关系社稷存亡的祸患。如今天子年轻，太后陛下以圣明贤淑之德，谦恭任贤，将国家大事托付给群臣，朝中群贤毕集，德信布于远方。再说，我家世代蒙受殊恩，服侍三朝，既不是来自异邦的客卿，又不像韩信、彭越那样有裂土为王的野心，可是，离间谗毁我的诡计出现在某些人的心胸，流言蜚语传遍四方，这就是古代圣贤蒙冤悲叹于既往，而我也忧惧于当前的原因。如今有一些人对我横加指责，无中生有，罗织罪名，使行将灭亡的贼寇得以复苏和喘息，这是最让人痛心疾首、悲愤欲绝的。我虽然心中所想的只是公家，所致力的唯有国事，可是现在外敌还未消灭，内弊却接连产生，正是因为这样，我才产生尽力报效国家的志向。”
朝廷的当政者这次被桓温吓出一身冷汗后，也体会到自己过去对桓温的态度和做法确实有点太过了，为了安抚他那颗积怨难平的小心脏，就决定升迁他为太尉，可是桓温却不想领这个情，执意推让而拒不接受，他的意思是：“我不是为了这个才故意撒娇的，我真的是志在北伐呦！”