虽然桓温已经定下了大大地做他一票的决心，他渴望因此而一扫因理想落空而造成的郁闷不已的低落心情，但是他却一直没能想到什么的办法。
太和六年（公元371年）三月壬辰，益州刺史、建成定公周楚逝世了。桓温对于这位老部下的去世颇感难过，他跟周家的关系一向不错，现在突然间损失了镇守在益州要地的一员大将，而前秦的势力又已经开始对益州虎视眈眈，这件重大的事情让桓温颇感为难。
这时，前秦已经几乎并吞了前燕，又开始对东晋在前燕境内的剩余力量进行围剿。前秦的后将军，金城人俱难开始对驻守在桃山（今枣庄市山亭区水泉镇）的东晋兰陵太守张闵子展开了攻击性行动。为此，桓温决定先回师广陵，等稳固了前方的防线后再做下一步的打算。于是，郗超就命人把能够搜查到的袁真的所有奏章和信函等文件全部打包封存并送回广陵，他准备在回广陵后，再把这些珍贵的资料细细地研究一遍。
桓温因平定袁瑾之功，被加班剑十人，东晋朝廷还在桓温军队回师的路上进行犒劳，随军的有功将士都分别被予以赏赐。桓温在回广陵途中派出援兵前往桃山，并在那里帮助兰陵太守张闵子击退了秦军的进犯。可能是因为这次对东晋发动的试探性的进攻没有奏效，其后，前秦的兵锋转向了西北方向的仇池公杨纂以及凉州的张天锡，秦、晋的边界在其后一段较长的时间里得以保持相安无事。
到了太和六年（公元371年）八月，桓温因为梁、益一带贼寇很多，而周氏世代都在那里建立了一定的威名，便任命宁州刺史周仲孙负责益、梁二州的军事，兼益州刺史。周仲孙是周光的儿子，也就是周楚的堂弟。
在这段似乎风平浪静的时间里面，内心牵挂着政治阴谋的桓温其实也处于一种比较纠结的心理状态。据《世说新语》记载，“桓公卧语曰：‘作此寂寂，将为文、景所笑！’既而屈起坐曰：‘既不能流芳后世，亦不足复遗臭万载邪？’这就是当一个人的理想破灭后，破罐破摔的一种心理状态的具体体现。
郗超奉命去了一趟建康后又回到了广陵，这位奇计百出的幕僚在建康期间进行了一番的明察暗访。当得知郗超回来后，桓温连忙把他召进了自己的书斋。当屏退左右后，桓温就与郗超密谋了起来。
桓温对郗超说道：“嘉宾，你从建康回来，可曾带回什么佳讯。”
郗超道：“最近建康城里无风无浪，也没有什么特别的事情发生，不过我带回来了两首儿歌。”
桓温饶有兴致地问道：“你什么时候喜欢上唱儿歌了，且唱来听听，让本公点评点评！”
郗超道：“明公，我倒是不会唱这儿歌，不过我可以读出来。第一首就是‘青青御路杨，白马紫缕缰。汝非皇太子，哪得甘露浆？’”
桓温听完这首儿歌之后费力地想了一下，然后对郗超说：“这首儿歌似乎暗示着些什么与皇室相关的事情，我不想再费劲了，你来解释一下吧！”
郗超道：“明公且听我解释得对不对。白色对应五行中的金，而马，就是指当今我朝的皇族。紫是侵夺正色的颜色，所谓‘紫夺朱’也。后面那两句就容易解释了：你并不是真正的皇太子，怎么会得到天降的甘露呢？”
桓温倒吸了一口凉气道：“难道这首儿歌是在暗示当今的皇太子不是皇上亲生的？”
郗超微微点头说：“大概是这个意思。还有一首就是‘凤凰生一雏，天下莫不喜。本言是马驹，今定成龙子。’”
桓温道：“本公也曾经听说当今皇上好男风，这儿歌的内容就是针对此事吗？”
郗超道：“当今皇上一向隐忍谨慎，似乎是想在日后做出一鸣惊人的样子。不过，宫阐重闷，床笫易诬。据说皇上登基前就已经在琅琊王府宠幸了嬖人相龙、计好、朱灵宝等人。是真是假没人能够讲得清楚。不过，既然没人能够讲清楚，这就有了乱中取胜的机会。”
桓温道：“嘉宾所言极是，你就按照这个思路去布局，你需要到什么资源尽管伸手向我要！”
于是，顽主郗超就派人秘密地在民间宣扬说：“皇上早就有阳痿的毛病，嬖人相龙、计好、朱灵宝等人，参加服侍皇上的内寝，结果和二美人田氏和孟氏生下了三个男孩。如果靠他们当王储，那么皇基将会倾移。”当时人们也无法辨认这些流言的虚实，不过，凡是人类都有八卦的毛病，一些有关床帏方面的事情尤其能够激发人们的想象力和好奇心，更何况这是涉及到宫廷最深处、最难以启齿的隐私呢？一时之间，在京城建康的街头巷尾，到处都有人在津津乐道着这个涉及到当今皇上的“性话题”。这个非常恶毒的段子也就只有顽主郗超能够想出来，真不愧为古代的心理学大师。如果他能够活到今天搞商业推广的话，绝对能够抛离那些什么“脑白金”之类的十条街。
都说纸包不住火，很快，就连皇宫之内也是沸沸扬扬的，皇上司马奕因此惶恐不安。他已经隐隐地知道谣言是谁所造出来的，但是面对这样的谣言，以当时的医学水准，谁又能够解释清楚呢，谁又敢于出来做证明呢？
而他自己，作为贵为天子的身份和地位，他不可能亲自走出来向天下的子民昭告关于自己身体的事情，他甚至不敢对身边最亲近的人去诉说苦衷，唯恐引起不可控的动荡，他深知他的姑丈桓温是个什么样的狠茬。但是司马奕所选择的沉默不言，在大家看来却是另一种表态：他既然不说话，就代表了默认了，恐怕皇帝在那方面确实是不行的！
该来的总是要来的！太和六年（公元371年）十一月九日，桓温对外宣称要从广陵回姑孰，途中暂时在白石停留。四天后的十一月十三日，桓温前往建康，并将一道奏表呈奏给褚太后。当桓温的奏表送入宫中的时候，褚蒜子正在宫内的佛堂烧香，内侍启奏：“外面有紧急奏报。”褚蒜子从佛堂内走出，依着窗户看了几行桓温的奏表，只见上面写着：
“王室艰难，穆、哀短祚，国嗣不育储宫靡立。琅琊王奕亲则母弟，故以入纂大位。不图德之不建，乃至于斯。昏浊溃乱，动违礼度。有此三孽，莫知谁子。人伦道丧，丑声遐布。既不可以奉守社稷，敬承宗庙，且昏孽并大，便欲建树储藩。诬罔祖宗，颂移皇基，是而可忍，孰不可忍！今废奕为东海王，以王还第，供卫之仪，皆如汉朝昌邑故事。”
褚蒜子看了这篇奏章后，沉痛地说了声：“我本来就怀疑是这件事。”她呆想了片刻后，毅然地命人拿笔过来，在奏表上补上了一段：“但未亡人不幸，罹此百忧，感念存没，心焉如割。社稷大计，义不获已。临纸悲塞，如何可言。”
时年四十八岁的崇德皇太后褚蒜子在年龄上不算老，却已经经历了太多的风风雨雨：她一直是整个王国里面最尊贵的女人，可是却没有多少的幸福感可言；她曾经拥有过一个完美的家庭，可是却被上苍无情地拆散；她对政治毫无兴趣，可是却屡屡被推到涉及王朝命运的风尖浪口上！
可以说，褚蒜子与桓温是一个老熟人了，她曾经亲眼目睹了桓温是如何一步一步地踏上成功的道路，以致逐渐的羽翼丰满，并让朝廷起了防范之心，进而双方不断地进行全面的较劲的全过程：
当褚蒜子作为琅琊王妃嫁进琅琊王府的时候，桓温已经是驸马兼琅琊內史了，不过那时的桓温在做任何事情的时候都是规规矩矩的，是一个典型的良吏能臣的模样，褚蒜子对他的印象还很不错，而褚蒜子与桓温的正妻南康长公主司马兴男份属姑嫂，两家人的关系也保持得很和谐。当褚蒜子的丈夫成为了晋康帝，然后又薨了之后，也就是在永和元年，晋穆帝司马聃继位，她作为太后抱着一岁多的儿子司马聃坐在御座上，面前垂下一重白色珠帘听取大臣们上奏国事。当称雄西藩的庾氏家族的最后一位头面人物庾翼去世时，是她同意了当时的执政何充的建议，让桓温接任了荆州刺史的职务，从此让他一飞冲天而变得难以驾驭。为了抑制如日中天的桓温势力的发展势头，她的父亲褚裒以一介文人毅然北伐，以致留下了终生的遗憾。其后，与桓温对抗的殷浩、范汪、庾希等人都接二连三地纷纷倒下了，而这命硬的桓温却在朝廷的轮番打击下如同打不死的小强，还越活越有滋味，就连遭受了北伐失败这样的重大的挫折，都没有能够让他消停下来，这是到底是怎样的一个人呐！
有了桓温，少了很多应对外地入侵的烦恼，可是这桓温却一直在朝廷里面制造烦恼，什么迁都，什么北伐，总之没有一个奏章不是充满震撼性和争议性的。一个佛系的女董事长能够拿一个霸道的执行总裁怎么办呢？
在儿子晋穆帝十五岁亲政后，褚蒜子主动退居崇德宫，过起了吃斋念佛的清幽生活。她觉得自己终于能够在难解的政局当中得到了解脱，却万万没想到自己的宝贝儿子却在十九岁的时候就因病去世了。她只好让哥哥晋成帝的儿子司马丕继位，是为晋哀帝。谁知晋哀帝却是个糊涂蛋，他对政事不感兴趣，却迷信方士，成天不吃饭，只吃金石药饵，因而年纪轻轻就病倒在床上，拖了一年，仍不见好转。大臣们只好再次请出褚太后出来临朝摄政。兴宁三年（公元365年），晋哀帝去世，因无子嗣，褚太后立晋哀帝之弟琅玡王司马奕为帝，褚太后则继续临朝摄政。对于司马丕和司马奕而言，褚蒜子是他们的婶母，而如今，桓温却要让褚蒜子的堂叔司马昱继位，这就把褚蒜子置在了极端的左右为难当中！
褚蒜子早就思疑关于司马奕的流言是桓温所散播出去的，她不知道司马奕如何得罪了桓温，她只知道桓温一旦下定了决心做一件事情，就是用九头牛也拉不回来的。褚蒜子清醒地认识到，这次桓温来建康做这件大事，一定是抱着只能成功、不许失败的决心来的。如果她不同意桓温的要求，那将会把桓温置于一个非常尴尬而无法下台的境地，不但桓温难以继续在司马奕手下为官，还非常有可能因此而造成桓家与朝廷的决裂，甚至会引起刀兵相见。而一旦刀兵相见的话，那晋室的江山基本上就要覆亡了。
我们不知道当时的褚蒜子是用了一种怎么样的智慧和理性做出了同意废黜司马奕的决定的，我们只能用心灵去体会她要做出这个决定是承受多大的内心煎熬。
桓温在呈送上奏表之后，其内心也是非常忐忑的，他也非常的担心太后不同意：“若是没有皇太后的懿旨而强行废黜司马奕的话，整个行动就形同篡逆，不但失去了法理上的正当性，还会引起满朝大臣的群起而攻之。如果满朝的大臣群起而攻之，说不定要动用军队来镇压，而一旦要动用到军队的话，虽然我有必胜的把握，但是这个国家就会因此而四分五裂，胡人也会随之而南下，我桓温能够承担得起这个历史性的后果吗？”一想到这里，原本神色毅然的桓温禁不住起了一个寒颤，随之涌出了一身的冷汗，而且，从他的脸上也显现出不安的神色，他右手不自觉地摸了一下腰中佩剑的剑把。当桓温焦急地等到太后的批示后，连忙展看细看，看完之后，他表面不动声色，暗中却庆幸他的这场风险巨大的政治赌博终于赢了，他一下子放下了心头的大石，也就不怎么去体察太后在奏章上所表达出来的哀痛之意了。
两天后的十一月十五日，桓温拿着太后的懿旨，把朝廷百官召集到朝堂上，要与他们商议这废黜之事。百官知道这个议题后都感到十分的震骇，由于这皇帝废立的大事已经好几代都没发生过了，自从蔡谟去世后，也没人懂得有什么法典可以遵循，哪怕是桓温自己也是一片的茫然，不知该如何走这样的一道操作流程。这时，一个与桓温曾经有过重大过节的大人物出来圆场了，他就是白头翁王彪之。早在兴宁三年（公元365年）的时候，当时桓温移镇姑孰，声威震主，礼在诸王之上，各郡都纷纷派出长史、司马、主簿等高级属官去向桓温表示敬意，只有王彪之认为向皇帝遣使和上贡才需要派出主簿级别的官员，向桓温示好没必要像见皇帝般派主簿过去，犹豫来犹豫去，最终竟然没有派人去示意。桓温于是以会稽郡山阴县的折布、米未按时到达，而王彪之又未对之予以弹劾为由，故免去他会稽内史一职。王彪之在离职前，自行赦免了郡中被获罪和被贬的人。桓温又以此为由，派槛车押送王彪之至法司治罪。适逢朝廷赦免，仅被降为尚书。在朝廷看来，敢于对抗桓温的都是硬汉子，于是，当年的十二月，王彪之还被升为了尚书仆射。
这时，曾经的硬汉子、尚书仆射王彪之象褚蒜子那样，知道废立的这件事情到了今天这个地步是凭谁都拦不住的，他便跟桓温说：“明公是皇家的栋梁，应当依据古人的先例来处理这件事。”随后，王彪之叫人取来《霍光传》，然后依据霍光废黜汉昌邑王的往事，当场制定了相关的礼度仪式。王彪之穿着朝服，站在朝堂的台阶上，冷静地指挥文武官员遵照礼仪排列秩序，不一会儿就安排好了，就连桓温也不禁叹息说：“做重臣的不应该是这样的吗？”。
于是，王彪之当场宣布褚太后的诏令，废皇帝司马奕为东海王，以丞相、负责尚书事务的琅琊王司马昱继承大统。百官然后进入太极殿的前殿，桓温让督护竺瑶和散骑侍郎刘亨收回了晋废帝的御玺绶带。有志难酬的司马奕身著单衣，头戴未仕者的白帽，默然地走下西堂，然后乘坐着牛犊车出了神虎门。大臣们纷纷为之下拜辞别，无不低声悲泣叹息。桓温看到这场面，也不禁从内心里面涌出一阵的不忍，可是，他必须在众臣的面前保持着一副坚毅不拔的神情。
其后，侍御史和殿中监带着一百士兵护送着司马奕到了东海王的府第安置。早些时候，司马奕因为心有不安，曾召方术之士扈谦来占筮。卦成之后，扈谦说：“晋室有盘石之固，陛下有出宫之象。”到了这时，果然像他先前所预言的那样，所以司马奕也就只能认命了。
当天，桓温率领百官带着皇帝的乘舆和法驾，到他曾经无比熟悉的琅琊王府去迎接琅琊王司马昱登基。当年已经五十二岁的琅琊王在朝堂更换朝服，戴着平常的头巾、身着单衣，面朝东向流着眼泪拜受了御玺绶带，即皇帝位，史称简文帝，改元咸安，大赦。也就是说，公元371年的前十一个月还是司马奕的太和六年，而十一月十五日以后，则是简文帝的咸安年号。
桓温出得宫后，临时住在太极殿的中堂，并派兵守卫。他有足病，朝廷下诏让他可以乘车入殿。
晋简文帝在即位后第一次接见桓温时，桓温事先准备了一份发言稿，其中陈述了他废立皇帝的本意，打算等司马昱登上御座之后就宣读，可是司马昱还没开始说话就眼泪流个不停。在几十年前还没有被派到荆州的时候，桓温与司马昱的私交本来很不错的，这么多年来尽管政见不合，但彼此在面子上还是过得去的，何况自从洌洲会议后，这司马昱都一直依着自己的意见做事，也再没怎么下绊了。桓温实在是一个吃软不吃硬的家伙，看着御座上哭成泪人似的司马昱，桓温既感尴尬又觉无奈，他根本没料到司马昱当了皇帝不但不开心，还居然难过成这个样子，而这不同寻常的场面使得朝堂里面陪站的百官既感到好笑又觉得同情，但是却没有一个人敢于站出来劝慰一句，在这鸦雀无声的巨大殿堂上，只能听见司马昱那微微的抽泣之声。
这异常尴尬的场面搞得桓温的内心里面也充满着纠结和冲突，也说不清是自责还是愧疚。直到最后司马昱退朝，平时面对任何难题随时都可以口若悬河地大侃一番的桓温却始终呐呐地一句话也说不出来。