天历二月初二日（夏历正月二十八日），李开芳所率陆路大军进逼江宁。初三日，水军前锋逼近金陵，分泊大胜关至草鞋峡一带江面。初六日，水陆太平军大队人马赶到，分兵占领浦口、江浦，切断了江北清军进援通路，完成对江宁的包围。
江宁城外有高山要隘，内城十三门，外郭十八门，外加长江天险，秦淮护河，城防体系严密，易守难攻。江宁城防守的旗兵绿营加在一起不足五千人，临时募集的壮勇也只有万人。本应该全力守住要隘，阻击太平军，不过陆建瀛在九江已吓破胆，竟然下令封闭内城城门，妄图固守。他与江宁将军祥厚分守南北城。
总督大人如此布置，各级下官也只得如此行事。驻扎城外的江宁副都统霍隆武、江南提督福珠洪阿、徐州镇总兵陈三光等将领眼见着太平军东来，上司又要关门，哪还敢待在城外，一骨碌全跑进城内，至此清军阻止太平军进攻江宁的最后希望也破灭了。
太平军则是环城进攻，地官正丞相李开芳率陆师扎聚宝门外，天官副丞相林凤祥、殿右六指挥吉文元扎营仪凤门外，金一总制黄益芸领右一军攻旱西门。途中新加入的殿左三指挥朱锡琨率领前四、中五两军围攻南京大东门、朝阳门，构成四面围攻的态势。
深夜，左二军自从在采石矶下了船，急行军一天一夜，仅在江宁城西南六十里板桥镇休整过。钟良相从师帅彭奕嵩那里寻来两头骡车，都是用来拖拉全卒辎重，除了蒋琬体弱时常乘坐外，其他人都是徒步，即便是年过五十的陆遐龄，也是健步如飞。王炤源未经历过长途跋涉，则略显吃力，但也强忍着，毕竟只有同甘共苦，圣兵们打起仗来才舍生忘死。这是他来到这个世界第一次感到累，而且累得很痛苦。这不是通宵上网，也不是逛马路溜大街，这是实实在在地走路，十几个小时不合眼，还好他撑住了。
初六辰时，左二军方才到达仪凤门外营地，不过并没有立即得到足够的休息，而是各自搭建营地。按照营制，王炤源这一卒搭了四个帐篷，一个两司马分一个。干完活后，林绍璋才下令休息，顿时全军上下鼾声一片。、
午后，营里战鼓齐鸣，王炤源紧急集合全卒人马，随彭奕嵩到监军林绍璋帐下听令。太平军无论平时还是作战，都以军为最高建制单位。军帅负责平时的训练和行军扎营等基本任务。战场上则以监军调度指挥，由监军、军帅、师帅一直到两司马，这是一套作战指挥系统，又以职同监军的各种典官及其属官和僚吏组成后勤补给系统，在这两班人马之上还有个总制作为全军的最高长官，管理全军事务。以炎、水、木、金、土对应前、后、左、右、中军，木二总制曾春发，便是右二军的统帅。他此刻已被东王招到殿前听用，职务却没变，所以左二军目前是林绍璋说的算。
王炤源赶到时，只见师帅彭奕嵩正在约束部众，整理队列，赶紧率部下加入序列。随后，全军鱼贯而出，赶往仪凤门战场，林绍璋打马在前，军帅黎振辉紧随其后。
林凤祥与吉文元将阵地摆在静海寺前，万余大军迎风肃立，仰望仪凤门，或执明火，或持刀枪。左二军并未作为突击主力，被排在诸军之后。只见数十门火炮猛轰城头，铁心实弹狠狠砸中城墙，顿时黑烟四起，少数落在城头上，所到之处也是人仰马翻。如此轮番轰击了半个时辰，城墙仍是文风不动，炮声渐歇。这边，攻城主力前五军开始做好准备，每两人发下一具藤牌，兵器也多换成了短刀，排头便是四五十架云梯。先是，太平军推出五尊短小精悍的臼炮，炮响后，轰出五枚开花弹，落地之处便是一片死伤，如此三番，城头清军气势丧尽。前五军将士齐出，狂吼着冲向城墙，其身后，数百圣兵各持鸟铳抬枪跟进。
前五军圣兵离城墙百丈时，城头枪声大作，清军火器强行压制。太平军后排枪铳就地反击，双方死伤颇多。前五军圣兵迅速接近城墙，四面架梯，缘梯登城。清军冒死抛下雷石滚木，城下圣兵只能以藤牌挡避，避之不及，便是应声倒下。城头也有不少清兵被火器打中，不时掉落下来。
如此激烈战况，不仅王炤源第一次亲眼见到，卒中上下也是观之大骇。左二卒三cd是新兵，从安庆行来，一路仓促，并无操练，与广西老兵有天壤之别。每当有圣兵爬上城头，阵中便是一顿欢呼。不过稍后，清军又将缺口补上，如此厮杀了个把时辰，前五军锐气不再，方才鸣金收兵。云梯夺城，只为尽量缩短双方对峙时间，一鼓作气，迅速攻破城防，守城士兵只要挡住几波攻势，攻城方便气泄而退。
太阳将落，太平军依次撤出阵地，监军林绍璋、军帅黎振辉去了林凤祥大营。
次日左二军三更做饭，移师水西门。原来昨晚统帅们选定城北仪风门为突破口，采用穴地攻城法，埋设火药于该门之下。同时分攻各门，迷惑清军。吉文元带兵向东，林绍璋的左二军独自负责水西门。江宁城大，秦淮河穿城而过，自东水关而入，西水关而出，水西门便是紧邻着西水关。
既是迷惑清军，林绍璋自然不会死攻，但是样子还要做，于是命令麾下五营师帅轮流攻城，彭奕嵩这后营被排在十四日。命令一下，师帅彭奕嵩、卒长王炤源都犯难了。王炤源是因左二卒没上过战场，本来希冀着打上几场顺风仗，也好磨炼着，没成想第一仗便是这攻城的硬仗，也不知要死多少兄弟。而师帅彭奕嵩则是想着如何立功，五个师帅，他最后一个上阵，清军或许被前几日佯攻麻痹了，如果一鼓作气，说不定就夺下城门，这可立大功了。如今东王已经发话，要建都江宁，眼见着入城便要升职，这要是立下首登城墙之功，岂不是在东王那里有了名号。到时候军帅的职务也是手到擒来，他升上师帅，也是得益于上一次破武昌。不过麾下有不少新兵，战斗力不足，这也是正是他焦虑的。
战力不足，解决方法只有实战和操练，目前没有实战，也只能操练了。彭奕嵩亲自督促，每日卯时集合，先是行军奔跑，而后练习武艺，晚间还要练习识别旗语锣鼓，戊时方才结束。如此四五日，全师新兵叫苦不迭，老兵也是苦不堪言。
强登城楼，必会死伤许多，这是王炤源不愿见到的，眼见着第二天便是后营攻城的日子，忽心生一计，当晚带着胡永祥等十几个熟悉水性的圣兵来西水关下。只见那水关上下三层，设有闸门三道，前后两道为木闸门，中间设铁栅门以防敌人潜水入城，王炤源与胡永祥随即潜入水底。天下承平日久，江宁近两百年不闻战鼓，西水关的防务功能早已弱化。王炤源摸到厚厚木闸底部，竟是泡软淤泥，当下浮出水面与胡永祥计议，掘开污泥，钻过这道木闸。于是二人交替入水，不到一刻钟，便钻过木闸。再潜入铁闸底部，此处紧要，上有纯铁所铸闸门，重达千斤，水底铺有条石，然年久失修，条石多有脱落，再招来多名水下好手，数人合力移除数段，出现一个仅容单人穿过的石洞来。穿过石洞，最后一道又是木闸，再次掘泥而入。
王炤源浮出水面，便已进入城内，秦淮河道里堵满了乌篷船。四周并没有什么清军，倒是二三十丈外有数个岗哨。王炤源使了个眼色，胡永祥猫着腰窜到往水西门方向侦查。半刻过后，胡永祥摸了回来。王炤源见已摸清了敌情，便带着胡永祥原路返回。当下立即禀告师帅彭奕嵩，彭奕嵩听后大喜，匆匆带着王炤源求见监军林绍璋。
林绍璋惊喜之后，立即点兵，拨出军中熟稔水性者两百人，由王炤源带队由西水关突击。十三日辰时，天色微亮，春雾朦胧，左二军突击队各个浑身赤条，口衔短刀。由王炤源、胡永祥带头钻入冰冷的秦淮河中。求战心切的袁宏谟只因不熟水性被撂在河边跺脚，两淮平原多善骑马，而家住长江边的池州人胡永祥则水下功夫了得。
江宁城的百姓从始至终没想过在这大清的太平盛世会遭临兵马之灾，更不知从哪冒出来的长毛竟然出现在铜墙铁壁的江宁城外，自明亡二百年，江南人都忘记了什么战争，不少人自信大清八旗和绿营的实力，更相信铁桶一般的城池，盲目自信总是少数。平日里，人手两杆枪的大清官兵，欺负百姓倒是绰绰有余的，叫他们打仗，恐怕是输多赢少。面对着来路不明的太平军，他们既新奇又恐惧。大军征伐从来不决于小民，他们的疑惑只有靠时间来解答。