穹源元年七月十四日，潞王朱常淓就任监国。在初掌政权后，除任命了一批官员以外，另派使者陈洪范去同大平军讲和，以割让江南四郡为条件，还是想苟安一方。
在当年，陈洪范曾虽弘光朝使节团去北京通好，在那时已经暗中投降了大平朝，被派回江南充当内奸。他回到江南以后写了一篇名为《北使纪略》的文章恬不知耻地宣扬自己效忠于明朝廷，背后却到处散布大平军势大难敌，劝人及早投降，被人称为“活秦桧”。
这次，陈洪范又作为监国潞王的代表，乘坐悬挂着“奉使平朝”旗帜的船只，去同平方密商卖国事宜了。
可就在朱常淓仍梦想苟且偷安的时候，大平军却迅速地向杭州逼进。迟明收取了南直隶十四个府、州后，全军向浙江进发，直趋杭州驻马。七月十七日，清兵进抵塘西，潞王身边的文臣武官们再次发生了大溃逃。
此时，陈洪范同浙江将军迟明已经商议妥当，回到杭州同张秉贞一道劝朱常淓投降。朱常淓贪生怕死，决定奉表降平。总兵方国安和侄儿方元科原先率领兵马护送弘光帝到芜湖，朱由崧被俘以后，他们又来到杭州，所部兵马还有一万名左右，准备拥立潞王保卫杭州。没想到朱常淓已决意降平，在方军同大平军战于湧金门下时，朱常淓竟丧心病狂地以酒食从城上扔下，犒劳大平军。方元科等极为愤慨，东渡钱塘江，后来参加拥立鲁监国的行列。
七月二十日，大平军不费吹灰之力占领杭州。迟明趁势派出使者招降浙东各府州和避居这一地区的明藩王。时周王寓萧山，惠王寓会稽，鲁王寓临海。迟明遣骑修书，以参、貂等物为贽，邀诸王相见。鲁王以道稍远。辞疾不至。周、惠两王渡江赴召。寻送南京，同弘光帝、潞王俱北去。湖州、嘉兴、绍兴、宁波、严州等府州官也纳土归降大平朝。
穹源元年七月十七日，唐王朱聿键见潞王朱常淓已经决定投降，不胜愤慨。在一批文官武将的支持下，离开杭州前往福州筹办监国。
虽然唐藩朱聿键是朱元璋第二十二子的八代孙，在谱系上同崇祯皇帝相距很远，按常规是轮不到他的。可是因为当时的南明政治中心却在东南，朱常淓、朱常润降清以后东南士绅也急于解决继统问题，不得不就近从疏藩中推选。
朱聿键以明朝疏藩即位称帝，尽管他颇想有一番作为，重建明朝江山，但他既缺乏自己的班底，又没有足够的名分。这一先天弱点使他不能不依赖倡先拥立的福建实权人物郑芝龙、郑鸿逵兄弟。即位后就以拥戴功加封郑芝龙为平虏侯，郑鸿逵为定虏侯、郑芝豹为澄济伯、郑彩为永胜伯。
而隆武朝廷建立后，颁诏各地，得到了两广、赣南、湖南、四川、贵州、云南残明政权的承认。
此外，鲁王朱以海监国浙东；分封于广西桂林的靖江王朱亨嘉也不甘寂寞。改广西省会桂林为西京，黄袍加身。残明事实上变成了兄弟萧墙状态了。
而此时在福建的郑芝龙兄弟，他们即以迎立隆武作为定策勋臣第一，借隆武朝廷的名义巩固自己在福建等地区惟我独尊的地位，带有很大的割据色彩。又派出使节与大平朝勾勾搭搭，做好了随风而倒的准备。
唐王朱聿键原本希望郑芝龙、郑鸿逵统兵出福建，建功立业。在他的一再训令下。郑芝龙不得不派永胜伯郑彩带兵出杉关，援救江西建昌残明部队。郑彩到达杉关之后却按兵不动，无论监军给事中张家玉怎样催促，他一概置之不理。不久听说大平军将至，拉起队伍就跑，三日夜退到浦城。
随着双方矛盾的激化。唐王朱聿键明白除了离开福建，摆脱郑芝龙兄弟的控制，不可能有任何作为。于是，他决意亲征，目的是第一步把行在移到江西赣州。然后视情况而定，如果江西用兵得手，局势稳定，可以西连湖南何腾蛟部，东接福建郑芝龙部，南靠广东，收就近指挥之效。即便江西作战不利，还可以西移湖南，南下广东。
唐王朱聿键锐意恢复，郑芝龙却拥兵自重，挟制朝廷，无意进取，双方的矛盾日益激化。首席大学士黄道周不胜愤慨，自告奋勇督兵出福建，联络江西，援救徽州、衢州一带的金声等部残明部队，设法为隆武朝廷打开局面。
穹源元年九月二十八日，黄道周勉强拼凑了三千多名士卒踏上了征途，唐王朱聿键派赵士超为兵部职方司主事任军前监纪。掌握兵马钱粮大权的郑芝龙内心窃喜，惟恐其不去，既不拨给精兵，粮饷也只支给一个月的定额。
师出不久，兵饷就接济不上。黄道周只好利用自己的声望和书法亲笔书写委任状，沿途召募一些忠贞之士。黄道周本人，毫无军事经验。他所知的兵事，都只是纸上谈兵，从来没有指挥过军队。部下兵将也大抵是应募而来，缺乏作战经验，凭着一腔热血奋勇向前。
施琅当时充当偏裨，随同道周出征，他凭军事眼光看出依靠这样一支队伍同大平军作战必败无疑。因此，他就向黄道周建议，遣散队伍，只带少数经过挑选的人由小路直接进入赣州，以首席大学士督师的名义节制和调遣南赣、湖广、广东、广西等地总督、巡抚、总兵，会师进取。
黄道周为人迂执，不达权变，以为自己有这么一支松松垮垮的军队总比没有好，又把自己的声望估计过高，认为所到之处必将群起响应；何况在他心目中施郎不过一介卑微末将，哪能有什么奇谋良策。施郎见黄道周不采纳自己的意见，不愿陪着他送死，径自返回福建。
黄道周到达徽州府境之后，朦头转向，直到金声兵败被俘，他才弄清楚原来自己的军队同金声部残明军只隔一座山。他的兵力能不能解救金声固然是个问题，但至少说明他情报不明，缺乏军事才能。
金声部既已覆败，黄道周带领的少数军队又不是大平军对手，出兵援徽的目的落了空。他率部从徽州婺源（今属江西省）转入江西，穹源二年二月二十三日，大平军探听到黄道周在婺源县境明堂里下营；第二天，被大平军三路围攻，黄道周部下士卒阵亡的有一千多人，余众星散，他本人和文官兵部主事赵士超、通判毛志洁、中书蔡雍、赖继谨，武官游击朱家弟等被俘。之后，依《大赦令》，黄道周等人皆被斩首。
黄道周此次的反击，完全是形同儿戏。不过这也是南明至残明阶段的唯一一次反击。至此以后，大平军又开始了一路平推的过程，直至把所有残明部队围至广西、云南等西南边陲。
以下简单介绍一下大平军的进军过程：
迟明的东路军进占浙东府县后，大学士张国维、督师兵部尚书余煌、礼部尚书陈函辉、大理寺少卿陈潜夫等先后自杀。
督师大学士朱大典据守金华，誓死不降。迟明亲率大军从绍兴前往金华，把该城四面包围。但守城明军在朱大典指挥下凭城顽抗，直至迟明从杭州调来红衣大炮，又以绝对优势的兵力猛攻了二十天，金华才被攻破。
朱大典带领家属和亲信将校来到城中火药局，用绳索捆在火药桶上，点燃引线，轰然一声，壮烈成仁。
朱大典这位与吴世恭有着交情的前明官员，吴世恭也几次去信联络劝降，但都被他断然拒绝。而在明末官场上，朱大典也以贪婪著称，可其最终还是体现了威武不能屈的气节。而吴世恭得知此一结果后，也只能扼腕感叹：“可惜！可惜！”
周巡、薛强的西路军攻克吉安，向赣南推进。之后大败残明军于赣州城下，抢占了这一东连福建、西接湖南，又是广东的屏障的战略要地。
不久，迟明的东路军高歌猛进，不久，郑芝龙等人归降大平，唐王朱聿键被俘杀，闽、赣、粤相继失陷，驻守在湖南的何腾蛟也被张彪的中路军和周巡、薛强的西路军三面合围。在溃逃之中，何腾蛟部几乎全军覆没，残部随何腾蛟逃至广西。
四川之南明军得知南京沦陷后，也相继献出了成都、重庆，并大多归降了全大山至四川军。四川全境落入到了大平军手中。
从穹源二年下半年至穹源三年之间，残明各支部队、大顺军和大西军残部、云南广西地方明军等部队，已经在大平军水银泻地般的攻势下，不得不暂时联合了起来，共同抵抗着大平军的进攻。直到穹源四年末，西南边陲的这些残余部队才被大平军完全肃清。
当大平朝刚进行统一全国的战事时，其动用的兵力还不到大平军总兵力的五分之一。可是当把残余抵抗部队包围在西南边陲时，南征大平军的总兵力已达到了一百三十多万。由此可见，南明的军心溃散和民心所向。
而在最后，就要看看大平军集中所有精锐展开的对清作战了。
ps：
大平军统一全国的过程，基本按照清军入关过程来演化。每当看到此段历史，尤其是看到的战斗力比清军还强悍的降清原明军，总是感叹：清朝得天下，非满人勇，而是汉奸太多了。