随后，熊正恩部开始大发神威，将这一地区的民匪，胶州韩继本，高密单之赏、张宇，即墨黄宗贤、周六、丘尚佐、王尔玺，平度搭毛、翟五和尚、张广等部先后一一扫灭。
可是在这年五月，又发生了青州之变。一支原属大顺军的部队，在与西撤的大顺军主力失去联络后，在旗鼓赵应元和投降了大顺政权的原明官员杨王休率领下，辗转地来到青州。在五月二十九日晨，以入城拜会为名，乘机夺门而入。
接着，赵应元派步卒上城头摆垛，自己则带着骑兵直入城中的知府衙门。而由大平朝廷任命的青州知府却以为赵应元是率部前来归降，突然看到兵将持刀露刃蜂拥而进，猝不及防之下被斩杀。
而赵应元的收复青州，并不是为了重建大顺地方政权。他自己声称：只是要扶立明朝一人。于是他就扶衡王坐殿。而此时的衡王却是已经归顺大平，所以惟恐赵应元拥戴复明将召来杀身之祸。当衡王被拥立之后，他每日只知涕哭，眼肿如桃。标准的扶不起的刘阿斗！
而当熊正恩带兵赶到时，早已降平的原明青州守备李士元献计智取，他同青州城内的官绅暗中互通，进入青州城内充当说客。在游说中，李士元对赵应元威胁利诱，劝他转投大平朝，并答应赵应元：不诛杀一人，并封给赵应元以爵位。
赵应元果然上当，带了甲士数百名出城同熊正恩等会面，双方钻刀歃血对天起誓。当天晚上，赵应元在府城北门的瞻辰楼设筵，大张酒乐。大平军则按李士元等约定的计划，伏兵城外。席间炮声突发，李士元、韩昭宣和随从当场击杀赵应元、杨王休，赵军大乱。大平军拥入城中，格杀衡王全家并招降余党。青州之变随即平定。
而吴世恭得知此消息后，勃然大怒。他下圣旨，怒斥熊正恩等人。并谕令天下大平诸军：要严格执行《大赦令》，竭力维护大平朝廷的信誉。绝不能再搞什么权宜之计。
之后，吴世恭派人访寻赵应元所遗妾、子各一人，送至京城，授伯爵，赐府邸重金。以此来弥补熊正恩之过错。
可是熊正恩此举也是被逼无奈。他的兵力有限，山东地方的造反也是此起彼伏。而此时北面冈萨雷斯、黄定的水师陆战队，正准备着渡海的朝鲜攻略。而迟明则率领着新军一镇和刘泽清遗留的鲁军，也正对南明摆出了一副咄咄逼人的攻势，以此来掩盖大平军对清军的决战。再加上熊正恩的部队也是新编之师，所以直到穹源二年。山东地方才最终被全面肃清。
而此时南明弘光朝的对外国策就是——借逆平寇。要借助大平朝的力量，抵挡和消灭农民军和清军这两大死敌。并且寄希望于这三者之间来个三败俱伤，能鹬蚌相争，保住南明偏安于江南一偶。
为此，弘光朝甚至愿意与大平朝和谈。提出：称臣、岁币、抵质、和亲等条件，希望大平朝转移目光，不要把刀锋首先指向南明。
为此，弘光朝的文臣们甚至都提出了一个理论基础，他们甚至以唐朝平定黄巢起义为题目著书立论，用意就是要借历史经验来说明：唐朝平定像黄巢造反这样大规模的农民造反，光靠有郭子仪、李光弼这样的大将还不够。还需要借用李克用的沙陀兵，招降像朱温这类农民军叛徒，才有中兴之望。
由此可见，弘光朝君臣是把大顺、大西等农民造反军作为了首敌。为了消灭他们，弘光君臣甚至都愿意与满清合作，不要说本为明将的吴世恭了。
应该说。这套理论在弘光君臣中是相当统一的。就是“主战派”领袖——史可法，他也只是在个人操守上相当高洁，但在基本政策上，却与其他的文臣并没有多大分歧，都是“借逆平寇”方针的赞同决策者。
甚至连左都御史刘宗周等天下文人领袖。也同样赞同此一国策。他们甚至还认为吴三桂的降清只是权宜之计，要派人北上与吴三桂取得联络，以此来取得尺素劝归的奇效。
更让人笑掉大牙的是，竟然还有些官员认为：可以用“明室恩义”来感化吴世恭，让吴世恭自愿称臣。这种奇思妙想也就不多加评论了。不过这一话题却在金陵风月界炒得挺红火，不止一位大家，愿意“以身饲虎”，用自己的美貌和智慧来完成这一——不可能完成的任务。为此，甚至有好事者组织了一场“选秀”，为诸位大家以壮声势。
当然，是这些大家傻，还是炒作者傻，还是众人皆傻，或者说都不傻，这也就是仁者见仁、智者见智了。反正这一话题，给当时的金陵城带来了无限的欢乐。是该说：“商女不知亡国恨”吗？
不过，还是有着一些中下层官员有着清醒头脑的。他们认为：当年的南宋，因为有了岳飞、韩世忠等武官显示出了“肌肉”，才能让南宋与金国签定和约。而现在的大平朝正与大顺、大西、清军和南明四面开战，趁此良机，应该积极地进行北伐。如能收复失地，那最好，就算是不能，也能与大平朝签定较为有利的和约，使其顾忌，不敢冒然南侵。
可是这些官员的见识虽好，但他们的官位实在是太低，根本影响不到弘光朝廷的朝政。再加上朱由崧登上帝位的原因是依靠联络各镇武将，而各镇武将既以“定策”封爵，已无进取之心，朝廷内部的纷争又造成文武大臣顾不上妥善经营北方事务。所以这些建议也就很快被忽略掉了。
而在此时，史可法等弘光朝廷重臣都是裹足不前，一味死守江南，其实他们的内心是相当怯弱。而弘光朝廷的主要军事支柱如左良玉、高杰、刘良佐等人都是避战先逃的败军之将，而大顺军又被清军和大平军先后击败，各军的强弱也就一眼可知了。
因此，史可法等人就自以为：最高明的策略就是不越雷池一步，免得“挑衅”大平军，授以南下的口实。然后，卑词逊礼结好于大平朝，维持偏安局面。就是到了此时，弘光君臣还是抱着和谈的幻想，摆出一副谨慎可怜的样子，企图博得大平朝的欢心。
而这种软弱性，就使得大平朝轻而易举地接管了黄河中下游大批州县。而在这一地区中，许多还亲前明的官绅，却因为得不到弘光朝廷的兵力保护，而被迫归附大平。随着大平朝显示出了强大的军威，再加上一些“良政”相继施行，最终，这些官绅也都转变为大平朝的忠臣良民了。
也不是没有官绅还对南明抱有希望，有些人甚至拖家带口南迁。可是留在原地的那些官绅，盼不到“王师北定中原”，他们也终于抛弃了幻想。而弘光君臣的短视，也就失去了最后一个把南明延续下去的机会了。
其实在此时，在南京建立的弘光朝廷，除了部队的战斗力，其他的一些，无论是人力，还是物力，对大平朝、大顺政权或者满清，都占有非常明显的优势。它控制着半壁江山，淮河以南是当时中国人口最密集、经济最发达的地方，而且受战乱破坏最小。应该说，如果励精图治，弘光朝廷还是能有一番作为的。
可是南明的这些军队，都已经蜕化成了将领维护和扩张私利的工具。他们怯于公战，勇于私斗；遇敌望风而逃，视民如俎上之肉。
正因为兵不可用，所以弘光朝廷兵将虽多，却麕集于江淮地区追欢逐乐，毫无进取之意。而督师大学士史可法和他节制的各镇武将为了掩盖内心的怯弱，就只能在粮饷问题上大做文章。
当时，弘光朝廷规定：每镇额兵三万，每年供应米二十万石、银四十万两，由于当时一石米约值银一两，所以也可以说是一镇岁饷六十万，四镇合计每年二百四十万。
这军饷发放确实已经是够大方了。可是为了笼络各镇武官，在短短四个月内，在各镇武将的一片哭穷威胁之下，弘光朝廷竟然发放了相当于一年半的银饷，应当说十分丰裕了。更何况在立镇之初，弘光朝廷还把江北一部分地方的屯粮、商税等收入也拨给各镇。真是财源滚滚来啊！江南也真够富裕的。
而总督各镇武将的史可法，他虽然为官廉洁，也很勤勉，对于各镇的兵额和应发、已领饷数也是相当清楚，更是对各镇武将的搜括地方、荼毒百姓也是心中有数。可是在他的奏疏中，竟然也同各镇唱一个调子，危言耸听，以此来骗要粮饷。
这里可以看出来史可法的无奈。因为他在明末官场中久经磨炼，对当时文恬武嬉的积弊司空见惯，也积累了一套应付朝野舆论的伎俩。
虽然史可法本人在调处各镇、保境安民上确实颇费心机，过分责备固然不当，但他确实畏平若虎，奉各镇为骄子，使这些军阀顿兵江北，一味鱼肉人民。
因此可以这么说，史可法出任督师之后，耗费了江南百姓的大量粮饷，可对于军情还是一筹莫展，说他姑息养奸，喂虎贻患，并不过分。