天启皇帝诏曰：“卿亲承顾命，当竭忠尽职。乃归非于上，退有后言。今复悻悻求去，可驰驿还籍。”诸辅臣请如大明制度，加以抚侐，魏忠贤从中作梗，不同意向皇上报。韩爌疏谢，有：“左右前后务近端良，重纶綍以重仕途，肃纪纲以肃朝宁。”等语。魏忠贤及其党益恨。韩爌去，朱国祯为首辅。李蕃攻去之，顾秉谦代其位。公卿庶僚，皆魏忠贤私人矣。
天启五年七月，逆党李鲁生劾韩爌，削籍除名。又假他事坐赃二千，毙其家人于狱。韩爌鬻田宅，贷亲故以偿，乃栖止先人墓上。
崇祯皇帝对于韩爌不附魏忠贤的节操还是满意的，但不知他的见识如何，于是给他出了个题目。工部主事徐尔一上讼为熊廷弼鸣冤曰：”熊廷弼以失陷封疆，至传首陈尸，籍产追赃。而臣考当年，第觉其罪无足据，而劳有足矜也。广宁兵十三万，粮数百万，尽属王化贞，熊廷弼止援辽兵五千人，驻右屯，距广宁四十里耳。王化贞忽同三四百万辽民一时尽溃，熊廷弼五千人，不同溃足矣，尚望其屹然坚壁哉！熊廷弼罪安在？王化贞仗西部，熊廷弼云“必不足仗”；王化贞信李永芳内附，熊廷弼云“必不足信”。“
徐尔一所说的乃是唐朝平定安史之乱时的河阳战役，此战郭子仪、李光弼等九节度使统领二十万大军，却被史思明以五万人马击败，当时唐军死伤惨重：”无一事不力争，无一言不奇中。熊廷弼罪安在？且屡疏争各镇节制不行，屡疏争原派兵马不与。徒拥虚器，抱空名，熊廷弼罪安在？唐郭子仪、李光弼与九节度师同溃，自应收溃兵扼河阳桥，无再往河阳坐待思明缚去之理。“
徐尔一又用南北朝的慕容垂举例，慕容垂本是前燕大将，因受权臣排挤，投靠前秦皇帝符坚；他在符坚讨伐东晋的淝水之战中保存实力，后来慕容垂果然抓往机会重建了燕国：”今计广宁西，止关上一门限，不趣扼关门何待？史称慕容垂一军三万独全，亦无再驻淝水与晋人决战之理。熊廷弼能令五千人不散，至大凌河付与化贞，事政相类，宁得与化贞同日道乎！”
徐尔一认为熊廷弼是因性格方面有弱点，才遭冤杀，应该给他平反：”所谓劳有足矜者：当三路同时陷没，开原、铁岭、北关相继奔溃，熊廷弼经理不及一年，俄进筑奉集、沈阳，俄进屯虎皮驿，俄迎扼敌兵于横河上，于辽阳城下凿河列栅埋炮，屹然树金汤。“令得竟所施，何至举榆口关外拱手授人！而今俱抹摋不论，乃其所由必死则有故矣。其才既笼盖一时，其气又陵厉一世，揭辩纷纷，致撄众怒，共起杀机，是则所由必杀其躯之道耳。当熊廷弼被勘被逮之时，天日辄为无光，足明其冤。乞赐昭雪，为劳臣劝。“
崇祯皇帝让韩爌就此事发表言论，韩爌赞同徐尔一的意见，认为先帝对熊廷弼太过苛刻：“熊廷弼遗骸至今不得归葬，从来国法所未有。今其子疏请归葬，臣意拟许之。盖国典皇仁，并行不悖，理合如此。若熊廷弼罪状始末，亦有可言。皇祖朝，戊申己酉间，熊廷弼以御史按辽东，早以辽患为虑，请核地界，饬营伍，联络南、北关，大声疾呼，人莫为应。十年而验若左券，其可言者一。”
韩爌认为如果当初不用袁应泰取代熊廷弼，辽事未必像现在这样棘手：“戊午己未，杨镐三路丧师，抚顺、清河陷没，皇祖用杨鹤言，召起熊廷弼代镐。一年余，修饬守具，边患稍宁。会皇祖宾天，廷议以熊廷弼无战功，攻使去，使袁应泰代，四阅月而辽亡。使熊廷弼在，未必至此，其可言者二。辽阳既失，先帝思熊廷弼言，再起之田间，复任经略。王化贞主战，熊廷弼主守，群议皆是王化贞主战。熊廷弼屡言玩师必败，奸细当防，莫有听者，徘徊踯躅，以五千人驻右屯。王化贞主战兵十三万驻广宁。广宁溃，右屯乃与俱溃，其可言者三。”
韩爌认为熊廷弼事可以用来鉴别朝中的正邪：“假令熊廷弼于此时死守右屯，捐躯殉封疆，岂非节烈奇男子。不然，支撑宁远、前屯、锦州、义州间，扶伤救败，收拾残黎，犹可图桑榆之效。乃仓皇风鹤，偕王化贞并马入关，其意以我固尝言之，言而不听，罪当末减。此则私心短见，杀身以此，杀身而无辞公论，亦以此。传首边庭，头足异处，亦足为临难鲜忠者之戒矣。”
韩爌进一步指出可以用熊廷弼案作为清算魏忠贤党羽的突破口：“然使诛熊廷弼者，按封疆失陷之条，偕同事诸臣，一体伏法，熊廷弼九原目瞑。乃先以贿赃拷坐杨涟、魏大中等，作清流陷阱；既而刊书惑众，借题曲杀。身死尚悬坐赃十七万，辱及妻孥，长子兆珪迫极自刎。斯则熊廷弼死未心服，海内忠臣义士亦多愤惋窃叹者。特以“封疆”二字，噤不敢讼陈皇上之前。
臣等平心论之，自有辽事以来，诓官营私者何算，熊廷弼不取一金钱，不通一馈问，焦脣敝舌，争言大计。魏忠贤-威福，士大夫靡然从风。熊廷弼以长系待决之人，屈曲则生，抗违则死，乃终不改其强直自遂之性，致独膺显戮，慷慨赴市，耿耿刚肠犹未尽泯。今纵不敢深言，而传首已逾三年，收葬原无禁例，圣明必当垂仁。臣所以娓娓及此者，以兹事虽属封疆，而实阴系朝中邪正本末。皇上天纵英哲，或不以臣等为大谬也。”
崇祯帝认为徐尔一、韩爌所说的都有道理，诏曰：“熊廷弼为辽东经略时。抒诚效命。所奏诸疏。具见忠鲠。而其时先帝不惟不用其言。转致身罹重辟，深可哀悼之。“于是，令其子持头归葬，始得昭雪。崇祯帝赐熊廷弼谥号襄愍，复韩爌官，官其一子，复为首辅。