康熙六十一年，康熙帝在北郊畅春园病逝，胤禛继承了皇位，次年改年号雍正。即位后，雍正帝重用康熙十三子胤祥，不想放过政敌胤祀等人，胤祀等人也不甘心失败，所以双方的斗争在雍正帝继位后延续下来，他在政治上采取多种措施以巩固自己的皇位。
首先是消除异己，分化瓦解诸皇子集团，将胤祯从西北军前召回，加以圈禁。晋封胤祀为廉亲王和总理事务大臣。将胤禟发往青海西大通。鉴于清朝没有行之有效的立储制度，常因为皇位继承权产生争端，创立了秘密立储制度。
雍正帝在雍正二年以前，对政敌的打击尚有所节制，这是因为政权还不太巩固，不便太刺激对方。青海平叛胜利，雍正政权的力量增强了，随即加紧惩治胤祀一伙。对胤祀本人声罪致讨，说他：“肆行悖乱，干犯法纪，朕虽然想要包容宽宥，而国家宪法具在，也无可奈何，当与诸大臣共正其罪。”
削胤祀的宗籍和圈禁，并被改名为阿其那，胤禟被削宗籍和圈禁，并被改名为塞思黑。皇十子胤哦被圈禁，康熙的皇十四子胤祯先是派去守陵，再后来受圈禁。康熙皇十二子胤祹被降爵，后来康熙的皇三子胤祉也被革爵圈禁。
同年五月革去苏努贝勒，进一步开展反对胤祀党人的活动，不久年羹尧、隆科多问题的出现，于是放松了对胤祀的攻势，到雍正三年年羹尧赐死，便加速惩处胤祀等人。到雍正四年胤禟、胤祀先后囚禁致死，胤祯迁于京城景山，蔡怀玺自杀，郭允进枭首示众，其他胤祀党人也遭到处分。至此经营二十多年的胤祀集团彻底垮台。
雍正三年，雍正帝以作威作福、结党营私之名，责令抚远大将军年羹尧自尽，同时削隆科多太保，后圈禁致死。并因此株连出汪景祺案和查嗣庭试题案。
官场如赌场，年羹尧与隆科多便是其中一夜光的大输家。年羹尧连降十八级，成了杭州看城门的老大爷；隆科多在畅春园外小黑屋关一辈子。最后两人还是丢了性命。古代官员丢饭碗其实很常见，甚至可能还是复出的资本了。
康熙五十六年，西藏传来乱事，准噶尔策妄阿喇布坦派遣其将策凌敦多卜袭击西藏，并杀死了拉藏汗。四川提督康泰率兵出黄胜关，却发生部队哗变。时任四川巡抚年羹尧深知，自己的机会来了。果然康熙赐全川舆图给他，委以重任。
年羹尧并没有冒进，一面继续剿除四川周围地区的不安因素，一面准备军需粮草，打通入藏运输线。之后他干了一件传统臣子一般不干的事，向皇上要官。要的是四川总督的官。年羹尧的理由是过去的四川营伍之间积弊严重，战时指挥层级混乱，需要有那么一个总指挥来坐镇中心。
康熙欣然应允。年羹尧的飞腾，便从这个四川总督的虚职开始。康熙五十九年，康熙帝命平逆将军延信率兵自青海入西藏，授年羹尧定西将军印。八月策凌敦多卜败走，西藏平定。
紫禁城里的皇储之争达到了白热化。皇四子胤禛揣度康熙的疑虑，对皇位故意表示没兴趣，自封天下第一闲人。这个闲人私底下却很忙，忙着找昔日伙伴、今日的西北王年羹尧，作为自己争储的一个最有力棋子。
雍正后来指出，多亏了年羹尧坐镇西北，钳制了争储对手十四阿哥胤祯。康熙驾崩、雍正即位后，因为年羹尧辅佐有功，也因为青海地区罗卜藏丹津作乱，川陕地区军权被全权授给了他。
叛军渡过黄河。雍正命令年羹尧进剿，封他为抚远大将军。年羹尧根据情报判定罗卜藏丹津不足以成事，三月命部下突袭叛军，罗卜藏丹津仅存两百多人逃匿；五月青海地区平定。班师回朝时，雍正亲自出城相应，加封一等公。人臣之福，已达到极致。
雍正皇位稳固后，更把诸多事务的决断权交给年羹尧，如海禁和官员挑选权。甚至东南沿海福建盐商的问题也要跑去问西北王。私自改动圣谕、先斩后奏这种在古代社会大逆之事，年羹尧做了，雍正反而朱批写道：“增的几字甚好！”
“你改的太好了，我原本还想和你商量了！”
掉脑袋的事在年羹尧这里反而成了立功受赏。之后雍正干脆也不让他改了，直接让他代拟上谕，土司之事便是典型案例。年羹尧在川陕总督的时候，便屡屡举荐老同事。当上大将军后，更是变本加厉，不断对老部下论功行赏。
雍正元年的正月里，年羹尧一口气推举十五位川陕旧部。这些人后来不是地方大员，便是军中的要人。江浙地区的官员后来也要年羹尧的举荐。甚至一度年羹尧举荐的官员成了质量免检产品，吏部称之为年选。
年羹尧气焰熏天的同时，隆科多也是风水水起，烜赫一时。隆科多拥戴雍正即位，受封太保、吏部尚书、理藩院上书、《圣祖仁皇帝实录》总裁官、《大清会典》总裁官、《明史》监修总裁。雍正提到他总是叫他舅舅，亲热程度是比较少有的。
年羹尧得宠看不起隆科多，雍正当然不能告诉年羹尧隆科多拥戴他即位的事，只能旁敲侧击地说：“舅舅隆科多，此人真圣祖皇帝的忠臣，朕的功臣，国家的良臣，真正当代第一超群拔萃的稀有大臣。”
隆科多一个人兼了这么多的臣，威猛程度明显高于年羹尧，雍正还真怕这两个人心里彼此结成什么疙瘩，专门制定年羹尧的长子年熙过继给隆科多为儿子。
隆科多已经有了两个儿子，得到这个过继的年熙便告诉雍正说：“臣命中当有三子，今得到皇上的加恩赏赐，直如上天所赐。”
他还表态说：“我和年羹尧若少作两人看，就是负了皇上。”
这就是他准备和年羹尧团结到底的意思，雍正、年羹尧、隆科多三位一体的千古君臣知遇榜样，没有像雍正自己说的那样，更没有像年羹尧、隆科多期待的那样，不过一年多的光景，新皇帝就翻脸了。
雍正对年羹尧的惩处是分步逐渐进行的。第一步是在雍正二年年羹尧陛见离京前后，此时雍正已经作出决定，要打击年羹尧。年羹尧离京后接到的那份朱谕就是对他的暗示。第二步是给有关官员打招呼。
一是雍正的亲信，要求他们要与年羹尧划清界限，揭发年羹尧的劣迹，以争取保全自身；一是年羹尧不喜欢的人，使他们知道皇帝要整治年羹尧了，让他们站稳立场；一是与年羹尧关系一般的人，让他们提高警惕，疏远和摆脱年羹尧，不要站错了队。这就为公开处治年羹尧做好了准备。
第三步把矛头直接指向年羹尧，将他调离西安老巢。雍正三年，出现了日月合璧，五星联珠的所谓祥瑞，群臣称贺，年羹尧也上贺表称颂雍正夙兴夜寐，励精图治。但表中字迹潦草，又一时疏忽把朝干夕惕误写为夕惕朝干。
雍正抓住这个把柄借题发挥，认为这是他自恃己功，显露不敬之意，所以对他在青海立的战功，是在朕许与不许之间。接着雍正更换了四川和陕西的官员，先将年羹尧的亲信甘肃巡抚胡期恒革职，署理四川提督纳泰调回京，使他不能在任所作乱。四月解除年羹尧川陕总督职，命令他交出抚远大将军印，调任杭州将军。
最后一步是勒令年羹尧自裁。年羹尧调职后，内外官员更加看清形势，纷纷揭发他的罪状。雍正以俯从群臣所请为名，尽削年羹尧的官职，并于当年九月下令捕拿年羹尧押送北京会审。十二月朝廷议政大臣向雍正提交审判结果，给年羹尧开列九十二款大罪，请求立正典刑。
他的罪状分别是大逆罪五条，欺罔罪九条，僭越罪十六条，狂悖罪十三条，专擅罪六条，忌刻罪六条，残忍罪四条，贪婪罪十八条，侵蚀罪十五条。叱咤一时的年大将军以身败名裂、家破人亡告终。
隆科多对雍正的疑忌不是不知，也想自留退路，于是主动提出辞去步军统领一职。这一招正中雍正下怀，他早就不想把这个要职留在隆科多手里，而且准备让与隆科多不甚亲密的巩泰来接手这个职位。以准许隆科多辞去步军统领一职为契机，雍正开始公开打击隆科多。
恰巧到了雍正五年，隆科多私藏玉牒的事被人告发了，于是雍正下令逮捕了隆科多，并专门在畅春园外盖了三间小屋，将隆科多囚禁在里面。
玉牒是皇帝的家谱，上面有每位宗室成员的名字，以及对该人的评语。隆科多为什么要私藏一个抄本呢？揣度起来，大概是想保存康熙有关立储的信息，譬如康熙对皇十四子胤祯的评点。这玉牒对隆科多肯定有用，不然他就不会私藏了。
隆科多私藏它，是想证明自己对雍正继位有扭转乾坤的功劳，是想让雍正知道，他知道的隐情更多，使雍正对他有所忌惮，不敢轻易下手。而这自作聪明的举动，恰恰为雍正提供了惩处他的借口。
诸王大臣会议定隆科多四十一条大罪，交结、庇护年羹尧之罪。最终隆科多免其正法，在畅春园外造屋三间，永远禁锢。赃款数十万两，于家产中追补。长子岳兴阿被革职，次子玉柱被发往黑龙江当差，隆科多在幽愤中死去。
对于年羹尧从受宠到受死冰与火的转变，雍正第一时间表态：“大凡才不可恃，年羹尧乃是一个榜样，终至罹获杀身之祸。年羹尧深负朕恩，擅作威福，开贿赂之门，因种种事迹的败露，不得己执法，以作为人臣负恩罔上者的警诫。”
年羹尧乃至隆科多的死，在于恃功自傲。野史中认为年羹尧和隆科多因为掌握了雍正即位的种种内幕，在战事已定、朝中无患之后，立即开杀戒灭口。百官的弹劾令雍正不得不下狠手。
年羹尧擅作威福，引起雍正的不满和疑惧；年羹尧结成朋党，危害政治清明；年羹尧贪取财富，让力图整治财政和吏治的雍正无法容忍。年羹尧、隆科多的倒台是结党图利，身败名裂也是咎由自取。
从节义角度出发，这二人倒没有谋反自立的贼心。只不过在皇权社会，心高气傲的雍正皇帝自然不甘总做个年羹尧的陪衬和受支配者，皇帝的逆鳞依旧碰不得。
从政权角度来看，西北战事已定，年氏集团尾大不掉，手握重兵，此为明患；雍正虽即皇位已久，但昔日的争储势力仍在，不排除借年羹尧、隆科多二人势力反攻的可能，此为暗忧。种种因素下，真就成了非死不可了。